咸丰四年，太平军攻克湘阴县，萧捷三被免职。五年，国入江西省，益大治水师，疏荐捷三忠勇，晋游击。秋七月，国籓檄平江营陆军渡湖，约北洋水师夹攻湖口县，克之。

咸丰年间随曾国藩率领水师转战湖北、江西等地。咸丰三年（1853）攻克湖北蕲州田家镇，升为游击。咸丰四年，太平军攻克湘阴，萧捷三被免职。咸丰五年（1855）率水师进攻江西湖口，太平军退守石钟山。他率领17艘战舰向石钟山猛攻，太平军用火炮反击，中炮身亡。咸丰追封为副将。

萧捷三，字敏南，湖南武陵人。由武举投营效力，千总。咸丰二年，以守省城功迁守备，署湘阴千总。四年，贼陷湘阴县，坐免。曾国籓奇其才，檄领北洋水师。既克岳阳市，沿江进剿。闰七月，败贼高桥、城陵矶，进攻擂鼓台，捷三偕李孟群、杨载福等搜捕两岸伏贼，俘馘甚众。乘胜追至六溪口，平贼垒，毁贼艘尽，水陆各军遂进抵嘉鱼县。以功复职，授永绥协守备。八月，进规武汉市，水师分两队，捷三率战舰为前队，冒炮驶至鹦鹉洲，掷火球焚沿江贼栅，贼不支，扬帆下遁，急驶出贼前，毁其重。渡江攻汉阳朝宗门外土城，偕载福等殊死战，焚汉口以内贼船皆尽。会陆军破花园贼垒，武昌、汉阳同日复，进都司。时余贼尚据襄河，乃扼新滩口，溯流进剿，贼艘千余，连下驶，迎击败之。追至上游，突有悍贼数舟，用火弹扑营，灼捷三头面手足几死，仍裹创力战，追剿二十余里。襄河肃清。

寻偕彭玉麟败贼蕲州钓鱼台、骨牌矶，遂大破田家镇，逾九江，直趋湖口县。先是江西吴城战舰数百沦于贼，贼实沙石沉湖口，截江路，于对岸梅家洲筑城，环列巨炮，拒官军。十二月，捷三驾火舟径冲贼栅，贼舟百数，乘胜驶入内湖，泊大孤塘。游击孙昌国、黄翼升等出贼不意，焚内湖贼舟二百余。贼益囊土塞湖口，水涸，师弗克归。贼以小艇杂外江巨舰中，潜纵火，北洋水师惊溃，国籓大营泊九江北岸，亦被焚袭。捷三陷入内湖，内外隔绝，以忠义激励将士，军心弥固。

五年，国籓入江西省，益大治水师，疏荐捷三忠勇，晋游击。四月，败贼鸡公湖，复都昌县。五月，贼由大孤塘上犯，捷三逆击，屡败之青山，夺回旧所失帅船及贼魁巨舰。秋七月，国籓檄平江营陆军渡湖，约水师夹攻湖口县，克之。贼退保石钟山坚垒，捷三率十七舟锐进，遥见陆军围石钟，气益奋，方冲越贼艘，上下夹击而下，石钟山、梅家洲贼垒炮齐发，捷三中炮死。诏赠副将，谥节，赏世职。九年，建石钟山水师昭忠祠，祀死事将士三千余人，捷三为之冠。