藏东臭草的须根细长，疏丛。秆直立，下部灰紫色，高80-110厘米，径2-3毫米，光滑，具7-11节。叶鞘闭合至顶端，粗糙，基部者膜质撕裂且被稀疏柔毛，仅顶端1节短于节间，其余均长于节间；叶舌膜质，透明或带紫色，长1-4毫米，平截或披针状卵形；叶片扁平，硬直，长15-25厘米，宽3-5毫米，两面均粗糙。
藏东臭草的圆锥花序大型，疏松开展，长达35厘米，多分枝；分枝细长，水平伸展或直立，光滑或稍粗糙；
小穗柄纤细，粗糙，三棱形，近小穗处被毛；小穗紫红色或绿色带紫红色，长6-8毫米，含孕性小花2-3枚，顶生不育外1枚；小穗轴节间微粗糙，长约2毫米；颖膜质，基部红色，狭
披针形至披针形，中脉微粗糙，第一颖长3-4.8毫米，具1-3脉，第二颖长5-6.5毫米，具3-5脉；外稃草质，狭披针形，粗糙，顶端膜质，齿裂或不裂，第一外秤长5.2-6.5毫米，具5-7脉；内稃长圆形，较外稃短，具2脊，脊上被纤毛；
雄蕊3，花药长1.3-1.8毫米。花期为7-8月。