2018年6月15日，根据《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》《国务院机构改革方案》和国家税务总局关于国税地税征管体制改革的部署要求，吉林省国家税务局、地方税务局正式合并成立国家税务总局吉林省税务局。

根据改革部署，国家税务总局吉林省税务局组建后，吉林省内各市、县新税务机构也将逐步分级挂牌。原国税、地税机构职责和工作由继续行使其职权的新税务机构承继。全省各级税务干部表示坚决拥护改革、支持改革、投身改革，不忘初心，牢记使命，全力以赴地做好组织收入、落实减税政策、优化纳税服务等各项工作，为推进税收现代化进程、经济社会发展和幸福美好吉林省建设贡献税务力量。

国家税务总局吉林省税务局在积极稳妥的推进改革的同时，确保税收服务工作平稳高效，有序推进，全省办税服务厅实现主要涉税业务“一厅通办”，12366纳税服务热线实现“一键咨询”，网上税务局、内外网站实现整合并拓宽服务功能，切实为纳税人提供更便捷、更高效、更全面的纳税服务。

2018年6月15日上午，新组建的国家税务总局吉林省税务局举行挂牌仪式，标志着原吉林省国家税务局、吉林省地方税务局正式合并。省委书记巴音朝鲁，省委常委、省委秘书长张安顺，省委常委、常务副省长吴靖平，省政府副秘书长冯喜亮出席挂牌仪式。

国家税务总局吉林省税务局的主要职责是：

（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。

（二）负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，研究制定具体实施办法。组织落实国家规定的税收优惠政策。

（三）负责研究拟定本系统税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟定税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。负责本系统税收、社会保险费和有关非税收入会统核算工作。组织开展收入分析预测。

（四）负责开展税收经济分析和税收政策效应分析，为国家税务总局和省委、省政府提供决策参考。

（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。

（六）负责组织实施本系统税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。

（七）负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织反避税调查和出口退税事项办理。

（八）负责组织实施所辖区域内税务稽查和社会保险费、有关非税收入检查工作。

（九）负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。

（十）负责组织实施本系统各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化建设和数据治理工作。

（十一）负责本系统内部控制机制建设工作，开展对本系统贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施税收执法督察。

（十二）负责本系统基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本系统绩效管理和干部考核工作。

（十三）负责本系统机构、编制、经费和资产管理工作。

（十四）完成国家税务总局和省委、省政府交办的其他工作。

注：相关社保费和有关非税收入征管职责划转准备工作还在进行中。

办公室（党委办公室）

政策法规处

国家税务总局货物和劳务税司处

企业所得税处

个人所得税处

财产和行为税处

资源和环境税处

社会保险费处

非税收入处

收入规划核算处

纳税服务处

征管和科技发展处

国际税收管理处

税收经济分析处

财务管理处（装备和采购处）

督察内审处

人事处（党委组织部）

考核考评处

教育处

党建工作处（党委宣传部、巡察工作办公室）

机关党委

老干部处

根据有关规定，设置党委纪检组，承担党的纪律检查工作。 

纳税服务和宣传中心

机关服务中心

税收科学研究所

吉林省税务干部学校（中共国家税务总局吉林省税务局党校） 

第一税务分局（大企业税收服务和管理局）

主要职责：组织实施大企业税收服务和管理工作；承担“千户集团”企业名册管理、数据采集、风险应对工作。

第二税务分局

主要职责：组织实施管辖企业的各项税收、社会保险费征收管理；组织实施省直机关事业单位社会保险费和个人所得税征收管理。

第三税务分局（税收大数据和风险管理局）

主要职责：组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。

稽查局

主要职责：组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件。

2020年11月26日，《省委省政府关于表彰2020年全省脱贫攻坚奖的决定》表彰国家税务总局吉林省税务局机关党委为“2020年吉林省脱贫攻坚奖组织创新奖”。 

2021年4月27日，国家税务总局吉林省税务局稽查局检查二科荣获全国工人先锋号称号。 

2021年5月，国家税务总局吉林省税务局机关党委被授予“吉林省脱贫攻坚先进集体”称号。