《立场新闻》曾恶意指控香港的抗议者遭到失踪或侵害，同时对法庭持有负面看法，并合谋让逃犯以博客身份在平台上发表分裂国家的言论。在2020年7月1日至2021年6月24日期间，香港发生一宗案件，涉及六名被告，包括壹传媒前行政总裁
张剑虹、前《苹果日报》副社长陈沛敏、总编辑
罗伟光、执行总编辑
林文宗，以及笔名卢的主笔
冯伟光和笔名李平的
杨清奇。这六人被指控与其他人合谋，涉嫌违反
中华人民共和国香港特别行政区维护国家安全法第29条，即“串谋勾结外国或者境外势力危害国家安全罪”。他们与
黎智英一同面临此项指控。2022年8月23日，壹传媒
黎智英与6名壹传媒及《苹果日报》高层，连同集团旗下3间公司，涉嫌违反《
中华人民共和国香港特别行政区维护国家安全法》案件进行高院进行案件管理聆讯，以商讨案件审讯日期。案件涉及12名被告，除黎智英及3家公司外，其余被告均表示认罪。同年11月22日，6被告承认串谋勾结外国势力罪。
《立场新闻》曾经恶意指控香港的"抗争者"是"被失踪"或者"被侵犯"；又形容法庭"只手遮天"等。此外，《立场新闻》亦与部分逃犯合谋，让他们以博客身份在平台发文，煽动他人分裂国家。警务处国安处高级警司李桂华称，《苹果日报》自2019年至今有至少30篇实体及网上的中英文文章，鼓动外国制裁香港特区及内地，涉嫌违反
中华人民共和国香港特别行政区维护国家安全法，且“有强烈证据表明，有关文件是与外国或境外势力串谋制裁计划的重点，为境外机构制裁提供借口”。
2021年6月17日，香港警方依法拘捕《苹果日报》5名董事，他们涉嫌违反香港国安法第29条“串谋勾结外国或者境外势力危害国家安全罪”，这5人为
壹传媒行政总裁
张剑虹、集团营运总裁兼财务总裁周达权、《苹果日报》副社长陈沛敏、《苹果日报》总编辑
罗伟光及苹果动新闻平台总监张志伟。与此同时，上百名警员持法庭手令到
将军澳《苹果日报》大楼搜查。2021年6月25日，陈沛敏辞任《苹果日报》副社长。
2021年12月29日，香港警方国安处拘捕7人，其中6人为“立场新闻”高层或前高层人员，分别是“立场新闻”前总编辑钟沛权、前董事
吴霭仪、何韵诗、周达智、
方敏生，及已请辞的署理总编辑林绍桐，另1人则为正在还押的前《苹果日报》副社长陈沛敏，7人涉嫌“串谋发布煽动刊物罪”。陈沛敏是“立场新闻”前总编辑钟沛权的妻子，同年6月被港警国安处拘捕涉嫌违反《
中华人民共和国香港特别行政区维护国家安全法》第29条 “串谋勾结外国或境外势力危害国家安全罪”，后被加控一项串谋刊印、发布、出售、分发或复制煽动刊物罪，意图引起憎恨或藐视中央或特区政府等，案件押后至2022年2月24日再讯，陈沛敏现正在大榄女惩教所还押。"立场新闻" 多次被指责对执法部门进行负面报道，之前被香港保安局局长
邓炳强明确批评，包括对大潭峡惩教所的 "智能监狱" 管理模式抹黑和妖魔化，以及在报道中大桥事件时存在不准确的信息，煽动仇警情绪等行为。
2022年8月23日，
壹传媒黎智英与6名壹传媒及《苹果日报》高层，连同集团旗下3间公司，涉嫌违反《
中华人民共和国香港特别行政区维护国家安全法》案件进行高院进行案件管理聆讯，以商讨案件审讯日期。案件涉及12名被告，除黎智英及3家公司外，其余被告均表示认罪。出庭的6名被告分别是壹传媒前行政总裁
张剑虹，前《苹果日报》副社长陈沛敏、总编辑
罗伟光、执行总编辑
林文宗、主笔
冯伟光和
杨清奇。