《四库全书荟要》修成迄今已有二百余年，命运多。1860年，英法联军攻占北京市，焚掠圆明园，藏于“味腴书屋”中的那套《四库全书荟要》被化为灰烬。而存于“藻堂”里的那套《四库全书荟要》，则一跃成为天壤间仅存的孤。但朝廷大内，宫禁森严，一般人无法涉足“摛藻堂”而得窥《四库全书荟要》。直到1924年，爱新觉罗·溥仪溥仪迁出皇宫，民国政府组织清室善后委员会，清点故宫文物图书，才发现《四库全书荟要》依然尘封故处，安然无恙，触手如新。1937年中国抗日战争爆发后，国民党政府将此书运往重庆市，1949年，又将此书运往台湾。

《四库全书》编之初，征书纷至沓来，卷帙浩繁，不便浏览，已经63岁高龄的爱新觉罗·弘历希望在有生之年，能看到一部重要而必备的图书，所以在开馆之初，命于敏中、王际华等人从应钞诸书中，其精华，以较快速度，编纂一部《四库全书荟要》。于乾隆四十三年，第一部《四库全书荟要》完成，藏于紫禁城御花园的“摛藻堂”。次年，又誊缮一部，藏于圆明园内的“味腴书屋”，以备乾隆随时阅鉴。