福建省疾病预防控制中心（英文名：Fujian Provincial Center for Disease Control and Prevention），成立于2003年7月，由原福建省卫生防疫站、原福建省结核病防治所、原福建省健康教育所和原福建省皮肤病防治院性病、麻风病防治部门合并组建，同时加挂“福建省预防医学科学院”“国家食品安全风险监测福建中心”两面牌子，是副厅级公益一类事业单位。总部位于
晋安区崇安路386号，中心党委书记为
翁铖，法定代表人为郑奎城。
福建省疾病预防控制中心占地面积约3.2万平方米。中心现有职工383人，其中专业技术人员333人，含高级职称专业人员有105人；博士、硕士共69人；共设32个科室：其中职能科室8个，业务科室24个。 2005年4月，福建省疾病预防控制中心被确定为副厅级单位，2009年5月，福建省疾病预防控制中心BSL-3实验室获得卫生部
甲型H1N1流感病毒实验活动资格。2013年3月4日，福建省疾病预防控制中心组织召开各相关科室健康教育工作协调会。2017年6月5日，福建省疾病预防控制中心召开项目工作会议。2020年2月1日，福建省疾病预防控制中心BSL-3实验室顺利通过新型冠状病毒 (2019-nCoV) 实验扩项评审，2023年4月，福建省疾病预防控制中心迎接实验室认可现场评审。2025年1月3日，福建省疾病预防控制中心传染病实验室检测质量提升试剂采购项目(二次)公开招标公告。
福建省疾病预防控制中心曾获“全国
国际劳动节劳动奖状”“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”等荣誉称号。
2003年7月，
福建省疾病预防控制中心成立，由原福建省卫生防疫站、原福建省结核病防治所、原福建省健康教育所和原福建省皮肤病防治院性病、麻风病防治部门合并组建，同时加挂“福建省预防医学科学院”“国家食品安全风险监测福建中心”两面牌子，是副厅级公益一类事业单位。2005年4月，福建省疾病预防控制中心被确定为副厅级单位，
2006年，福建省疾病预防控制中心召开“治理医药购销领域商业贿赂专项工作动员大会”，2007年11月7日，福建省疾病预防控制中心党委举行十七大精神报告会。2008年5月19日，福建省疾病预防控制中心第一批抗震救灾小分队奔赴
四川省灾区，2009年5月8日，福建省疾病预防控制中心BSL-3实验室获得卫生部
甲型H1N1流感病毒实验活动资格。2010年8月，福建省疾病预防控制中心BSL-3实验室顺利通过生物安全实验室第五次监督评审，2011年1月21日，福建省疾病预防控制中心召开2010年度表彰大会。
2012年7月30日，福建省疾病预防控制中心召开2012年“八一”座谈会暨工作情况通报会，2013年3月4日，福建省疾病预防控制中心组织召开各相关科室健康教育工作协调会。2014年5月，
福建省疾病预防控制中心启动中国老年健康影响因素2014年福建省跟踪调查工作，2015年3月6日，福建省疾病预防控制中心召开纪念“三八”节105周年座谈会。2016年8月19日，福建省疾病预防控制中心举办第十九期道德讲堂，2017年6月5日，福建省疾病预防控制中心召开项目工作会议。2018年8月27日，福建省疾病预防控制中心举办第二十八期道德讲堂，2019年5月6日，福建省疾病预防控制中心召开福建省居民健康状况报告编撰会。
2020年2月1号，福建省疾病预防控制中心BSL-3实验室顺利通过新型冠状病毒 (2019-nCoV) 实验扩项评审，2021年5月21日，福建省疾病预防控制中心举办慢性病综合防控示范区建设，线上专题讨论会。2022年5月30日，福建省疾病预防控制中心召开2022年度全面从严治党暨
意识形态工作会议，2023年4月，福建省疾病预防控制中心迎接实验室认可现场评审。2024年5月20日，福建省疾病预防控制中心顺利召开2023年管理评审会议，2025年1月3日，福建省疾病预防控制中心传染病实验室检测质量提升试剂采购项目(二次)公开招标招标公告。
福建省疾病预防控制中心占地面积约3.2万平方米。中心现有职工383人，其中专业技术人员333人，含高级职称专业人员有105人；博士、硕士共69人；共设32个科室：其中职能科室8个，业务科室24个。 其总部位于
晋安区崇安路386号。
福建省疾病预防控制中心有许多实验室精密检测设备，现仅万元以上的设备就有280台件，总值2800万元。其中，理化检验科已拥有飞行时间质谱、轨道肼质谱、三重四级杆质谱、
电感耦合等离子质谱等先进的仪器设备，及其高效液相色谱、气相色谱、分光光度计、全自动固相萃取、全自动氮吹仪、凝胶渗透色谱等常规分析和前处理，可以满足食品、保健食品、水、涉水产品、消杀产品等健康有关产品从常量到痕量的分析需求，同时还拥有医院洁净手术室、洁净车间、实验动物房等设施。
2024年6月17日，福建省疾病预防控制中心在榕举办“现场紧急医学救护基础知识暨传染病应急专业人才能力提升系列讲座（第二期）”，同年9月，福建省疾病预防控制中心协助昌都市疾控完成传染病监测预警培训及人才培养项目。
2017年2月17日，福建省疾病预防控制中心应急所党支部在鼓东街道观风亭社区开展志愿活动，2017年，福建省疾病预防控制中心团委为
尤溪县吉华村儿童送去儿童节礼物。
福建省疾病预防控制中心已掌握- 2 - 40 类592 项检测技术，基本达到卫生部、
中华人民共和国国家发展和改革委员会规定的省级疾控机构检测能力要求。
福建省疾病预防控制中心大力开展预防医学领域科学研究和学术交流。286项次科研成果 先后多次获得国家科技进步
二等奖、卫生部科技进步二等奖等各类奖项。每年平均发表学术论文150多篇。其中在“十二五”期间，
福建省疾控中心的专业技术人员主持和参与研发了15项科技成果，研究成果涉及重大传染病的防治与分子流行病学研究、病毒病防治、
寄生虫病防治、慢性病防治、卫生检测新技术应用等多方面内容。“十二五”期间，福建省疾控中心共获得了21项科技奖励，其中省科技进步二等奖、
三等奖各5项，省医学科技二等奖3项、三等奖6项，
厦门市科技进步三等奖2项。中心人员主编或参编了《福建疟疾的控制与消除》《分子寄生虫学实验指南》《中国疟疾的控制与消除》《
中国嗜人按蚊生物学与防制》《
中国寄生虫病防治与研究》、《人兽共患病学》《
流行病学》等专著。
福建省疾控中心与长崎县环境保健研究中心、长崎县环境部、
长崎大学的多位负责人和专家开展了一系列的互访交流与合作。
另外，福建省疾控中心还承办了《
中国人兽共患病学报》和《
海峡预防医学杂志》这两份
学术期刊，《中国人兽共患病学报》入选了中国科学引文数据库(CSCD)的核心库，《海峡预防医学杂志》是中华预防医学系列杂志的优秀期刊。