陈霸先即位为陈武帝,任命蔡征为太学博士。官至尚书主客郎、太子中舍人,兼掌管
东宫领直,封新丰侯。蔡征历事陈武帝、
陈蒨、
陈伯宗、
陈顼与陈后主五朝,辅佐陈始终。蔡征博通有口才,熟知当朝制度、宪章仪轨、户口风俗、山川土地。
陈叔宝至德年间(583年—586年),官太子中庶子、
中书舍人,掌管诏。转任左户尚书,与仆射
江总同撰五礼之事。甚受后主器重。拜吏部尚书,事无大小,皆取议决。命令他每十日一往东宫,于太子前论述古今得失及当时政务。执掌诏诰,主持廷狱,俯察民情,政绩颇著。被升为
中书令,有人传言蔡征对中书令一职不满,陈后主大怒,要杀他,后来经人解劝,获免。
蔡征在担任中书令时有人说他有怨言,此事传到后主耳中,后主大怒,收夺他的人马,将要杀他,有人极力谏诤,使他获免。祯明三年,隋军渡江,后主认为他有才干,暂时代任中领军。他辛勤劳苦,尽心尽力,后主嘉奖他,说道:“事情平定后一定有报答。”到了在钟山南岗决战,命他守卫宫城西北大营,不久命令他统领众军作战。城被攻陷,按通例入关。