郑州市第三人民医院始建于1905年，原名为华美医院，1962年更名为郑州市第三人民医院，1998年经河南省医院评审委员会评审通过的二级甲等医院，2008年冠名“河南省第一慈善医院”；2011年增挂“郑州市肿瘤医院”。2015年10月与河南大学签署挂牌合作，成立“河南大学中国医学科学院肿瘤医院”。2017年11月被河南省卫生和计划生育委员会纳入三级专科医院医疗机构，2018年10月由郑州市卫健委牵头，与树兰医疗管理股份有限公司管理集团签署深度合作协议，增挂“树兰医疗郑州医院”、“树兰医疗郑州肿瘤医院”。2020年7月通过郑州市卫健委三级专科医院验收，获批三级专科医院。

1910年夏，在三院现院址建筑一幢檀房，取名“美华医院”。

1910年，劳获担成为首任院长，也是第一个将西医传到郑州市的外籍人士。

1950年6月，经河南省人民政府批准，“华美医院" 重新开业。

1951年10月，河南省人民政府下发文件，接收“华美医院”为“河南省第二人民医院”，任命崔志祥为副院长主持工作，杨异文、宋艳萍等先行到医院工作。

1959年3月，郑州市人民委员会批准将医院改名为“郑州市第一医学专科学校附属医院”。同年8月，郑州市卫生局下发文件将医院改名为“郑州医学专科学校附属医院”。

1962年7月，医院正式改名“郑州市第三人民医院”。

1983年，郑州市肿瘤研究所在郑州市三院成立。

1987年10月，郑州市泌尿研究所在郑州市三院成立。

2008年6月，由河南省卫生厅、河南省民政厅和河南省慈善总会联合批准，郑州市第三人民医院冠名“河南省第一慈善医院”。

2011年9月，由郑州市卫生局同意，报经河南省卫生厅批准，郑州市第三人民医院又增挂“郑州市肿瘤医院”。

2015年10月，与河南大学签署挂牌合作，成立“河南大学中国医学科学院肿瘤医院”。

2016年10月13日上午，河南大学与郑州市第三人民医院合作签约仪式在河南大学举行，河南大学副校长宋纯鹏、院长李安州分别代表河南大学与郑州市第三人民医院签署合作协议。

拥有郑州市干细胞与器官移植重点实验室、核磁共振、64排CT、500MA数字胃肠X线机、肌电诱发电位仪、大功率激光仪、电磁波体外碎石机、准分子激光、C型臂血管造影机、腹腔镜、骨质疏松治疗仪、人工肾、人工肝、全自动生化仪、乳腺靶机、彩超、电子直线加速器、钴60放射治疗仪、三维放射治疗计划系统（3DTPS）及全身肿瘤立体定向放射治疗系统（全身X刀）、近距离后装机、氦刀冷冻消融治疗系统、单光子电子计算机算断层显像设备（ECT）进口现代化血透设备及反渗水处理装置等医疗设备。