漫画版《魔法禁书目录》漫画版由日本漫画家近木野中哉作画，漫画在漫画杂志《月刊少年GANGAN》2007年5月号开始连载。故事以《魔法禁书目录》原作小说的剧情为主，但是原作小说第2卷和第4卷内容被跳过。

虽然小说是ASCII Media Works发行，但漫画版则是由SQUARE ENIX发行、于《月刊少年GANGAN》2007年5月号开始连载。繁体中文版由台湾角川出版。漫画版作画为近木野中哉，以本传剧情为主，但是原作小说第2卷和第4卷内容被跳过。

另外外传漫画《科学超电磁炮》的作画是冬川基，详见《科学超电磁炮》词条。