该剧讲述了清
康熙，
以丹格格与醉酒的
康熙帝发生关系，诞下
柳涵香后即遭追杀，葬身火海，十八年后，涵香以绣女身份入宫，却因母遗物玉蝴蝶暴露身份，随即展开调查的故事。
康熙十二年，以丹格格（甘婷婷 饰），一位温婉如玉、才情出众的贵族女子，本应与恭亲王爱新觉罗常宁（
张兆辉 饰）共结连理，成就一段佳话。然而，命运弄人，一场意外的误会让她错上了嫔妃紫荷（
陈秀丽 饰）的轿辇，进而被义兄
康熙帝偶然间临幸，这一夜，彻底改变了她的命运轨迹。得知自己怀有龙种，以丹格格面临着前所未有的抉择。她深知，继续婚约将是对恭亲王常宁的极大不公，也是对皇家威严的挑衅。于是，她毅然决定退婚，带着贴身丫鬟青儿（
黄千格 饰 ），在夜色掩护下逃离了繁华的王府，隐姓埋名于一处偏远的尼姑庵中，静候孩子的降生。数月后，随着一声清脆的啼哭，数月后，随着两声清脆的啼哭，以丹格格（
甘婷婷饰）的两个孩子——龙凤胎，一个承载着母亲无尽爱与牺牲的小生命，一个则是她对未来的希望与梦想，来到了人世。为了保护这对双胞胎免受宫廷斗争的波及，以丹格格在产下他们后，做出了一个艰难的决定：她准备隐姓埋名，带着孩子们远离宫廷。然而，命运的残酷超出了她的预料，一帮黑衣人突然袭击了尼姑庵，点燃了熊熊大火，意图将一切化为灰烬。在这场突如其来的灾难中，以丹格格勇敢地帮助丫鬟青儿带着女儿涵香逃脱，但不幸的是，她和儿子却葬身火海。在生命的最后一刻，以丹格格目睹了那些凶手的真面目，她的眼神中充满了不甘与愤怒。
青儿带着涵香逃出后被一户农家所救，青儿将涵香和格格给的信物托付给一对夫妇后重伤去世，时光荏苒，涵香出落得亭亭玉立，性格坚韧而温柔。长大后的涵香主动报名参加了宫里举办的绣娘选拔比赛，她被选入宫中的衣作坊，成为了一名绣女。凭借着过人的手艺和谦逊的态度，涵香很快在众宫女中脱颖而出，却也因此遭到了同僚
冷雪雁（
刘娜萍 饰）的嫉妒与排挤。适逢皇太后大寿，宫中上下一片繁忙，涵香借此机会得以出宫采办。在市井之中，她与恭亲王的三贝勒格泰（
郑嘉颖 饰）不期而遇，两人因误会而争执，却又在解决误会的过程中发现了彼此的善良与坚韧，渐生情愫。然而，这段情愫并未能顺利发展，因为太子
爱新觉罗·胤礽（
张丹峰 饰）也被
柳涵香的独特气质所吸引，对她展开了热烈的追求，这不仅让三贝勒感到不悦，也让涵香陷入了两难的境地。
与此同时，涵香在宫中偶遇了内务总管李公公，他曾因涵香在一次意外中救过他的性命而对她心存感激。
李德全不仅在宫中有着广泛的人脉和影响力，更对涵香的安危格外关心，他暗中为涵香提供了许多宝贵的建议和帮助，使她在宫中逐渐站稳了脚跟。一次偶然的机会，
柳涵香在整理母亲遗物时，发现了一枚精致的玉蝴蝶玉佩，这枚玉佩不仅工艺精湛，更隐藏着母亲
以丹格格生前的秘密，涵香开始怀疑这枚玉佩与她的身世有关，于是她开始秘密调查玉佩的来历。涵香首先便锁定凶手就是
康熙，猜想他当年可能为了掩盖丑闻，试图杀人灭口，才会导致这件悲剧的发生，但事情很快就又有了意外的发展，原来，以丹
金蟾格格当年之所以会与康熙发生关系，乃因嫔妃紫荷当晚设计康熙临幸，导致涵香的以丹格格上错花轿所致，事后，嫔妃紫荷为了隐藏此事，遂对格格有了杀机，涵香本以为找到凶手，却又意外发现，以丹格格被火烧死当晚，以丹格格的父母买了大量的柴火，猜想以丹格格的亲生父母为了掩盖这丑闻，也有可能杀害自己的女儿，在
柳涵香陷入两难的时候，却又意外发现格泰那里也有一只与她一模一样的玉蝴蝶，后来问过佟司库，方知自己的以丹格格当年正准备与烈亲王塔尔成亲，没想却在成亲前一个月退了婚，涵香猜想烈亲王塔尔为了报复也有可能是凶手。涵香经过一连窜的追查，重新分析每个嫌疑犯的杀人动机与线索，最后，终于发现凶手竟然是烈亲王塔尔。最终，在一系列精心布局与勇敢对抗后，涵香揭露了恭亲王的罪行，将其绳之以法，恭亲王在狱中面对铁证如山，深感愧疚与绝望，最终选择了自我了断，为这桩长达十多年的悬案画上了句号。而
柳涵香，在经历了重重磨难后，不仅为母报仇，更在宫廷中赢得了尊重与自由，与三贝勒携手共赴未来，书写了一段属于自己的传奇篇章。
《深宫谍影》以清宫为背景，融合清宫背景与谍战元素，围绕
康熙身世谜团，编织爱恨交织的宫廷传奇。
刘庭羽在该剧中饰演太子妃，作为剧组横店先行者，她戏份繁重，不畏酷暑坚持拍摄。横店拍摄环境艰苦，高温与厚重戏服下，虽因高温体力不支，但拒绝休息，刘庭羽被导演与前辈
米雪高度赞誉。
视帝郑嘉颖在片场
何家劲风范，救甘婷婷于威亚险境，怀抱其旋转360度，惊险而浪漫。两人身手敏捷，安全无恙，获工作人员赞誉，粉丝赞其如杨过小龙女般情深意重。
从
湖南卫视收视率统计来看，由拉风娱乐出品的宫廷悬疑大剧《深宫谍影》收视率连创新高，最后以2.6完美收官。
《深宫谍影》融清宫背景与爱恨情仇，揭秘
康熙身世迷局，展现宫廷权谋与浪漫之恋。集人气明星与戏骨演技，清宫华服美景与复杂传奇交织。创新融入谍战元素，悬念迭起，堪称宫廷戏佳作。（
腾讯控股娱乐 评）
《深宫谍影》题材创新，虽套宫廷框架，却主打悬疑。网友吐槽剧情雷人，但观众仍被悬疑元素吸引，宫廷探案情节成收视保障。（
新浪娱乐 评）
《深宫谍影》融合清宫背景与谍战元素，围绕康熙年间身世谜团，编织爱恨交织的宫廷传奇。该剧集宫廷权谋、浪漫爱恋、人气明星与资深戏骨于一体，展现清宫华美与复杂剧情。虽因
金蟾格格身份、皇室禁忌情等设定引发争议，却凭借独特魅力，收视率超越同期热播剧，成为观众热议焦点。（
腾讯控股娱乐 评）
该剧逻辑混乱，细节违史，成观众吐槽热点。烈亲王死后葬处简陋引争议；世子向太监下跪不合礼制；
柳涵香错认生母情节突兀；太监初恋情节更添荒诞。（
新浪娱乐 评）
古装剧《深宫谍影》虽无
奇幻穿越与雷人台词，却难逃平淡之诟。该剧亮点聚焦于《
步步惊心》
爱新觉罗·福惠扮演者
郑嘉颖，其出色表现引发网友热议，称其为“拯救全剧”的关键，剧中角色繁多，若非铁粉易感混淆。（城市快报 评）
网友总结《深宫谍影》为多部热门剧元素的大杂烩，拍摄场地、配乐均似曾相识，剧情则混杂《
新还珠格格》与《雷雨》元素，开篇即涉疑似乱伦情节，引发观众不适。
甘婷婷与郑嘉颖的角色设定更是加深了这种雷人感，网友对郑嘉颖接拍此剧表示失望，认为其演技浮夸，角色形象与过往的温润儒雅或火爆正义大相径庭，自损视帝形象，甚至有网友直呼“看不下去”。（现代快报 评）