永历初年（1646），历任太仆卿，大理寺卿，升刑部右侍郎、副
都御史掌院。瞿鸣丰弹劾
刘承胤，刘承对乔然说：你掌管御史院，近来言官混杂妄言，你不能表率，要你何用？用拳头殴打何乔然，何乔然奋力抗争，衣服都扯破了，连续上奏疏请罢免自己，杜门不出。不久以兵部右侍郎，
巡抚川南，与
李占春一起驻守长寿。
奉天府（今湖北武冈）失陷，因为不清楚
朱由榔的下落，于是士绅建议推举韩王朱璟和荣王朱由监国，杨乔然力争乃止。擢升
总督，驻守
彭水苗族土家族自治县。楚宗室
朱容藩企图谋逆，杨乔然再三劝阻。
李乾德和李占春互相攻伐，杨乔然调解之。
孙可望击溃李占春，招揽杨乔然，不从。