1954年(昭和29年)1月20日,后乐园站作为营团地下铁(现:东京地下铁)丸之内线的一部分正式开通运营。1996年(平成8年)3月26日,随着营团地下铁(现:东京地下铁)南北线的开通,后乐园站成为了重要的转乘站点。1999年(平成11年),后乐园站入选关东之站百选名单。2000年(平成12年)12月12日,随着都营大江户线的开通,后乐园站开始提供与都营地下铁三田线及大江户线之间的换乘服务。这一换乘服务通过与春日站的连接实现。2004年(平成16年)4月1日,随着营团地下铁的民营化,
丸之内线和南北线均由
东京地下铁接管。