2016年，陈吉仲出任台湾“农委会副主委”，2019年1月，陈吉仲转正为“农委会主委”。2023年1月28日，台湾行政机构改组，陈吉仲被留任“农委会”主委一职；同年8月1日，台湾行政机构改制升格，台湾“农委会”改制为台湾“农业部”，陈吉仲首任“农业部部长”一职。
陈吉仲，出生于台湾省屏东县
万丹乡一个普通的农民家庭，小学时陈吉仲常帮父母接生
仔猪、洗猪舍，高中毕业后陈吉仲考上台大农业经济系，并在这里完成了本科和硕士研究生教育。上大学期间，陈吉仲对
社会运动很狂热，曾在1988年参与“520农运”，自称对农业有“一生悬命”的使命感。上世纪90年代，陈吉仲赴美国得州农工大学农业经济研究所攻读博士，返回台湾后，他长期在
台湾中兴大学教书，后担任该校的“主任秘书”。
2016年，陈吉仲出任台湾“农委会副主委”。2019年1月，陈吉仲转正为台湾“农委会主委”，他在“农委会”任职近7年，虽然风波不断，但官位却一直很稳当。2022年6月9日，陈吉仲确诊新冠肺炎。2023年1月28日，台湾行政机构改组，陈吉仲被留任“农委会”主委一职；同年8月1日，台湾民进党当局，部分行政机构改制升格，其中台湾“农委会”改制为台湾“农业部”，正式挂牌，原“农委会主委”陈吉仲首任“农业部部长”一职。
2021年4月，在学界发动的藻礁沟通平台座谈会上，陈吉仲针对藻礁争议表示，不是说减煤降空污就要影响藻礁，但也不能因此影响减煤步伐，希望找到多赢方案。陈吉仲并提及学界友人因空污罹患
肺腺癌，当场哽咽，停顿约30秒后才说“我失态了”。对此，缺席座谈会的“藻礁公投”领衔人潘忠政则表示不以为然。他说，环团的底线很清楚，就是三接迁离桃园大潭藻礁。民进党想要解决空污有很多种方法，陈吉仲环团出身，不应该用这种感性要求的方式护航台当局立场。
2023年8月21日，中国大陆宣布，因检测出病虫害暂停输入台湾芒果，台湾“农业部长”陈吉仲气急败坏，并回应称卖到大陆的外销量仅占全台湾产量的0.5%，且对岸未经科学性对话，就任意中断贸易。强硬说词引发论战，不少网友洗版嘲讽，“
芒果干吃起来，不然班班吃芒果，部队吃芒果就好了。”
2023年3月，台湾民进党当局对“农委会”组改，在岛内政坛引发了巨大争议。原“农委会主委”陈吉仲曾被批是“史上任期最久、也摆烂最久”的“农委会主委”，陈吉仲此前奇葩言论频出，不仅把
瘦肉精比作保健品，还在面粉涨价时呼吁大家吃
炒饭，岛内出现
鸡蛋荒时，又呼吁“欢迎大家采购
鸭蛋”，被批是现代版“何不食肉糜”。9月16日，中国台湾农业部门举行记者会表示，统计2023年3月到7月共进口1.4亿万颗鸡蛋，其中有5千多万颗耗损与到期的进口蛋待销毁，估计损失超过2亿元（
新台币）。面对进口蛋造成的食品安全疑虑及损失，陈吉仲在记者会中三度回避道歉，更说进口蛋有助于降低岛内
高通膨与稳定蛋价，“政策效益高于成本”，似乎觉得这笔支出相当值得。对此，有岛内网民讽刺称，“效益真的很高，‘塔绿班’个个吃到满嘴流油”。
2022年5月5日海峡导报社报道民进党高官陈吉仲的爱将陈平轩出任
北京农学院副总，挨批“政治寄生”。
中国国民党籍
台北市议员汪志冰批评，陈平轩无相关背景，却获“农委会主委”陈吉仲厚爱，透过“农委会”洗资历，现又入主北农担任副总，根本是“政治寄生”、打击基层士气。
环球网报道据台湾中时新闻网2023年7月29日报道，台“农委会”、“环保署”8月陆续升格“农业部”和“环境部”，“农业部长”将由“农委会”主任委员陈吉仲接任。对于这一人事任命，有蓝营“立委”批评，陈吉仲“无能的主委也只会是无能的‘部长’”。