2008年，邱晓军执导纪录片《最后的村落》，从而开始了他的影视生涯。2013年他担任了电影《
回到原点》的导演 。2019年他执导的剧情电影《
我们回家吧》上映，该片主要讲述了一名乡村教师和一群学生的故事。2021年8月18日他导演的电视剧《
安得广厦千万间》开始在
腾讯视频独播。
2017年，他执导的电影《我们回家吧》获
巴厘岛国际电影节最佳影片奖、最佳男演员奖，2018年入围
世界民族电影节决赛名单。2018年电影
短片《空》入围戛纳电影的展映单元，并入选为戛纳环球中国电影展唯一一部优秀短片。
2008年，邱晓军执导纪录片《最后的村落》，从而开始了他的影视生涯，该片入围中国（广州）国际纪录片大会评优活动。2010年，年代剧《岁月骄阳》播出，他担任导演，
万梓良、
杨思琦等担任主演，次年，执导电影纪录片《石磨坊的快乐》，该片是一部关于许鸿飞先生的纪录片，也是一部能带给人快乐的电影。它轻轻的触及你的内心深处，让你更深层次理解并记住
许鸿飞先生。
2013年他担任了电影《
回到原点》的导演 ，影片讲述了是一位事业有成的企业家与一位留守儿童之间演绎的情感文艺故事。次年执导的科幻剧《
你好外星人》，在
爱奇艺独播。2016年邱晓军执导的青春校园电影《
不作不死不青春》在东莞顺利杀青，该剧由演员
罗家英、
杨思琦、张磊联袂主演。
2017年，邱晓军执导的爱情电影《
爱情对赌》上映，该片由
万梓良、
文熙、
楼云飞联合主演。同年电影《
情迷意大利》在中国大陆上映，他任导演。次年，电影
短片《空》入围
戛纳国际电影节的展映单元 ，该剧同样由邱晓军执导。2019年他执导的剧情电影《
我们回家吧》上映，该片主要讲述了一名乡村教师和一群学生的故事；而且该片曾获得过
巴厘岛国际电影节最佳影片奖、最佳男演员奖、并入围
世界民族电影节决赛名单。同年8月9日，电影《
寻找兰小草》在全国上映，邱晓军担任导演。
邱导的文艺
短片《空》 将家乡的好山好水，风土人情完美的诠释给世界观众，而且荣入奖，足以见证邱导的独具匠心。（网易娱乐评）