2012年，卓亦谦毕业于
香港城市大学创意媒体学院。2017年，卓亦谦分别担任电影《
今晚打丧尸》和《
杀破狼·贪狼》的编剧。2023年6月11日，卓亦谦执导的电影《年少日记》在上海国际电影节首映。次年3月，他参加了“双擎驱动·湾区之辉”战略合作发布会，在会上，
阿里影业总裁
李捷、
寰亚传媒行政总裁叶采得宣布了他的原创电影作品《三杀》。
卓亦谦凭借电影《年少日记》先后被提名第60届台北金马影展金马奖最佳原著剧本、最佳新导演、最佳剪辑，2023上海国际电影节亚洲新人奖最佳电影，第17届亚洲电影大奖最佳剪接，第42届香港电影金像奖最佳导演、新晋导演、最佳剪接、最佳编剧；并获得第60届台北金马影展金马奖最佳新导演奖、第17届亚洲电影大奖最佳新导演奖、第42届香港金像奖最佳新晋导演奖。
2016至17年，卓亦谦分别担任电影《人间有情》《
今晚打丧尸》和《
杀破狼·贪狼》的编剧。2018年，卓亦谦出演纪录片《光影行者》。2023年6月11日，卓亦谦执导的电影《年少日记》在上海国际电影节首映。
2023年，卓亦谦凭借电影《年少日记》获得第60届台北金马影展金马奖最佳原著剧本、最佳新导演、最佳剪辑提名。同年，他凭借《年少日记》获得2023
上海国际电影节亚洲新人奖最佳电影提名。11月25日，卓亦谦凭借电影《年少日记》获得第60届台北金马影展金马奖最佳新导演。
2024年1月12日，卓亦谦入围第17届
亚洲电影大奖最佳剪接奖。2月6日，凭借电影《年少日记》获得第42届香港电影金像奖最佳导演、新晋导演、最佳剪接、最佳编剧提名。3月10日，卓亦谦凭借电影《
年少日记》获得第17届亚洲电影大奖最佳新导演奖。同月，卓亦谦参加了
阿里大文娱集团与
寰亚传媒于香港国际影视展举行“双擎驱动·湾区之辉”战略合作发布会，
阿里影业总裁
李捷、寰亚传媒集团行政总裁叶采得宣布了卓亦谦的原创电影作品《三杀》。4月14日，卓亦谦凭借电影《年少日记》获得第42届
香港电影金像奖最佳新晋导演奖。