2023年，
台南市议员陈昆和的胞兄陈昆明律师质疑民进党“立委”郭国文在博士论文中伪造指导教授的证明书，并赴台北地检署告发郭国文涉嫌伪造文书等罪。对此，郭认为是被对手抹黑，已赴台南地检署提告。
陈昆明称，他告发郭国文在2022年9月提出的博士论文版本，是伪造2015年7月7日他的博士论文审查及口试时，指导教授在审查当天给他审查同意书及签名的证明书，被拿来7年后使用。
2024年5月17日，台立法机构召开会议冲突不断。上午，民进党“立委”郭国文先是因插队问题引发肢体冲突，当场出手掌掴民众党党团总召集人黄国昌。同日下午，在蓝绿僵持下，立法机构负责人韩国瑜、“秘书长”周万来进入议场宣告休息时，郭国文突然暴起，一把抢走周万来怀中的资料后，一路身手矫健地闪过阻挡的人潮奔出议场，现场蓝委一阵尖叫跟错愕。
2024年11月6日，台立法机构“财政委员会”继续讨论“财政收支划分法”（简称“财划法”）相关修正草案，“朝野”民意代表再度爆发冲突。国民党民意代表6日清晨便守在议事现场，避免民进党民意代表突袭干扰议事。民进党民意代表郭国文、李坤城等不满非“财委会”的国民党民意代表也到议事现场，与一众国民党民意代表爆发口角。其后，国民党民意代表张智伦还与郭国文发生肢体冲突。