2011年7月，于小含首次代表国家队参加国际赛事
亚洲青年羽毛球锦标赛，并助国家队赢得混合团体赛冠军。2013年，获得
蒙特利尔网球大师赛女双冠军，这是于小含在职业生涯中夺得的首个大奖赛冠军。2015年1月，在中国国际挑战赛上，于小含与队友
区冬妮搭档获得女双冠军。同年，在韩国光州世界大学生运动会上，于小含因药检呈阳性，导致中国队混合团体赛银牌和女子双打银牌被取消。2019年10月，于小含在个人新浪微博正式宣布从国家队退役。
2011年7月，于小含首次代表国家队参加国际赛事亚洲青年羽毛球锦标赛，并助国家队赢得混合团体赛冠军。次年，她参加了国家青年队集训，随后进入国家队。同年，于小含代表国家队参加南韩金泉市举行的亚洲青年羽毛球锦标赛，联同
黄雅琼赢得女子双打比赛亚军。作为北京队的主力，她与队友欧冬妮担纲国家羽毛球的第四女双。2013年7月，于小含在美国黄金大奖赛与黄雅琼搭档打进女双决赛，最后以0比2不敌
包宜鑫/
钟倩欣，获得亚军。之后，于小含与黄雅琼又打进加拿大大奖赛女双决赛，并以2比1反胜荷兰组合，夺得职业生涯首个大奖赛冠军。同年，
中华人民共和国全国运动会团体赛中，于小含和
谢婧搭档女双，北京女队最终夺得全运会团体第5名。
2014年11月27日，在澳门塔石体育馆举行的“2014
澳门羽毛球格兰披治黄金大奖赛”女子双打第二轮比赛中，中国选手欧冬妮/于小含以2比0战胜
泰国选手派汀麦丝/姬拉苏，晋级下一轮。2015年1月，在中国国际挑战赛上，于小含与队友
区冬妮搭档获得女双冠军。2月1日，中国（陵水）国际羽毛球挑战赛决赛上，区冬妮／于小含在先失一局的情况下，以23比21逆转战胜
日本组合
栗原文音／筱谷菜留，夺得女双冠军。随后，在3月进行的
马来西亚超级赛上，两人闯进了四强。4月12日，在新加坡室内体育场举行的
新加坡羽毛球公开赛女双决赛中，中国选手区冬妮/于小含组合以2比0战胜日本组合，获得冠军。
2017年6月14日，在国际羽联超级系列赛
印度尼西亚公开赛女双首轮比赛中，中国选手黄雅琼/于小含以2比0战胜日本选手
松友美佐纪/
高桥礼华，晋级下一轮。9月，在
2017年世界羽联超级系列赛韩国公开赛决赛上，黄雅琼/于小含迎战韩国的
张艺娜/
李昭熙。最终21比15获胜，击败韩国组合获得女双冠军。10月，黄雅琼/于小含参与角逐2017年世界羽联法国超级赛女双资格赛，首轮以21-11和21-12战胜
德国组合
艾菲勒/简森斯。随后的第二轮，黄雅琼/于小含以21-14和21-19直落两局淘汰跨国组合科侬/凯勒-麦基，顺利打进正赛。11月30日，创富东方2014澳门羽毛球格兰披治黄金大奖赛在塔石体育馆举行。于小含/欧冬妮组合总分2比1战胜
钟倩欣/黄雅琼组合，获得女双冠军。
2018年6月16日，在美国
洛杉矶举行的2018
美国羽毛球公开赛女子双打
半决赛中，
汤金华/于小含以2比0战胜马来西亚组合
邹美君/
许嘉雯，晋级决赛。8月1日，在江苏南京举行的2018
世界羽毛球锦标赛女双第二轮比赛中，中国选手黄雅琼/于小含以2比0战胜
阿尔及利亚选手布克沙尼/马扎里，晋级下一轮。次日，
2018年世界羽毛球锦标赛女双八分之一决赛中，
黄雅琼/于小含以0比2不敌日本选手
田中志穗/
米元小春，无缘八强。9月12日，在
东京举行的2018
日本羽毛球公开赛女双首轮比赛中，中国选手汤金华/于小含以2比0战胜
日本选手田中志穗/米元小春，晋级第二轮。
2019年，于小含退出国家队后，在北京队训练和打国内比赛。2021年5月，在河南郑州举行的2021年全国羽毛球冠军赛暨第十四届全运会羽毛球项目资格赛混合双打决赛中，北京队
冯彦哲/于小含1比2不敌
广西羽毛球队鲁恺/
覃惠芷，获得亚军。
于小含的大伯于炳龙是淮北羽毛球学校的校长，在伯父教堂哥于小渝打球的时候，于小含也会跟着练习。后来，其哥哥被选进了北京队，于小含决定以后也要去北京打球。 2023年12月，安徽省队教练、中国羽毛球队前国手于小渝意外溺水身亡。
2015年7月，于小含在参加
世界大学生运动会时被查出A瓶尿检结果呈阳性，违禁药品名称为曲布西明。此举导致中国队混合团体赛银牌和女子双打银牌被取消。
羽毛球世界联合会要求
中国羽毛球协会和于小含本人提供关于此事的情况说明。经调查和问询，该事件主要由于运动员于小含因调理身体需要，误服家人提供的中药导致。中国羽毛球协会称一贯坚决反对运动员使用兴奋剂，已暂时停止于小含参加一切比赛的资格，今后会进一步加强对运动员的教育和管理。
中国大学生体育协会证实，中国代表团出发
光州市前曾做过了兴奋剂自查，于小含没有任何问题。在这之前，中国大学生体育协会还组织代表团成员参加培训班，强调过反兴奋剂的相关知识。不过由于于小含在国家队训练，并未参加这一培训。
2016年1月30日，羽毛球世界联合会就此事举行听证会。在听证会上，于小含认可针对她的兴奋剂检测结果以及自己违反了世界羽联的反兴奋剂相关规定，但其表示自己是无意中摄取了禁药成分。根据相关规定应免于或至少减轻处罚。在听取于小含团队出示的相关证据后。最终，陪审团决定给予于小含禁赛七个月的处罚，禁赛期从2015年7月12日开始，到2016年2月12日结束。