萧子晋在南朝齐
永明九年（491年），继承其父临川王萧映的封号，成为临川郡王。历任
东阳市太守、
湖州市太守、
秘书监（领后军将军）。
永元元年（499年），萧子晋迁侍中，后转任左民尚书。因为堂妹出葬没有接受任命，被有司奏劾，皇帝将奏章留中，萧子晋也没有再任命。
中兴元年（501年），
萧衍攻入建康城，萧子晋还穿着侍中的官服。
南梁天监元年（502年），梁武帝代齐，削除萧子晋的封国，授其辅国将军、
高平市太守。同年，萧子晋祖母谢氏的墓葬被盗掘，但并未挖至墓室之门。事发后，身为承重孙的萧子晋向礼官
何佟之咨询自己该如何做。何佟之认为，谢氏之墓仅被破坏坟土，未及，因此不必依照改葬之例服，仅哭丧三日即可。梁武帝认为何佟之所议得礼。