顺治四年丁亥科殿试制策要求“务各出己见，逐条献策，勿用四六，不限长短，毋得予诵套词，拘泥形式。”策试题为《帝王之治天下，莫不以得人为急务。朕深维真才希，知人实难。必如何而后真才可得？》、《近闻观任官员，伯叔昆弟
宗族人等以及废伸劣衿，大为民害。必如何而后可痛革欤？》、《今当混一之初，尚在用兵之际，兵必需饷，饷出于民，将欲减赋以惠民，又虑军兴莫继，将欲邓盈以足饷，又恐民困难苏。必如何而后能两善欤？》程芳朝以策对称旨，赏识有加，拔为
进士第二人。
程芳朝进士及第后，授内翰林秘书院
编修。不久，迁秘书院修撰，从事译注《五经》事宜。程芳朝历官翰林国史院修撰、湖广提学道、湖广布政司右参议、詹事府左春坊左谕德等职。
顺治九年，程芳朝以编修出任
会试同考官。顺治十年，出任直隶学政。顺治十年六月，程芳朝提督顺天
学政。不久，迁国史院
侍讲学士。顺治十三年十一月，程芳朝为弘文院
侍读学士，顺治十四年十月为
少詹事兼侍讲学士。
康熙帝三年，程芳朝以侍读学士充任赴
安南正使。此间，程芳朝“宣畅德威，不抗不抑，临走时，远人争赋诗饯送。”而后，程芳朝任詹事府少詹事，升
太常寺卿。深受
康熙帝赏识，潘蜀藻称：“公（指程芳朝）尝奉宣于御前，伏几作大字。上嘉其端劲，方欲大用之。”寻还，
康熙七年正月，程芳朝太常寺卿。官至太常寺卿。
他能诗文。
清代诗人们称颂他：“听夕阳惟闭门，读书穷四部。墨妙宗平原，艺苑称独步。”也善于书法，尤其擅长行草。他的书法特点是书写得体、雄强茂密、精力内含、瘦劲有法，高深绝人。运笔流畅，行如流水，一气呵成。结构沉着，真情流动，点画飞扬。体现出他深得颜体行草风格之妙。