深圳湾口岸站是深圳轨道交通13号线上的一个地下车站，预计于2025年开通，届时将作为13号线的南端终点站，但随着13号线的延伸，将不再担任终点站的角色。该站为地下两层西班牙式站台车站，是深圳湾口岸的配套车站，同时也是13号线全线施工难度最大的车站。

2018年1月10日，深圳地铁13号线一期工程正式开工。

2019年3月28日，深圳湾口岸站完成对望海路的交通疏解工作，为下一步车站主体结构围蔽施工提供了场地条件。

2019年4月16日，深圳湾口岸站主体围护结构超大直径咬合桩开始试桩，刷新了深圳地铁咬合桩施工最大直径的记录，也标志着车站正式进入主体围护结构施工阶段。

2020年9月27日，深—登区间明挖段第一块底板混凝土顺利浇筑完成，拉开了深圳湾口岸站主体结构全面施工的序幕。

2020年11月16日，深—登区间左线隧道顺利贯通，是全线第三组贯通的双线区间。

2020年12月30日，深圳湾口岸站主体围护结构顺利围闭，也标志着车站正式进入主体结构施工阶段。

2020年12月29日，深圳地铁13号线二期南延段工程正式开工，线路从本站东端引出。

2023年5月，深圳市城市轨道交通13号线工程深圳湾口岸站至科苑站区间顺利实现“长轨通”，标志着地铁13号线轨道工程进入了全面加速阶段，为车站后期各工程提供了有利的进场条件。12月1日，随着深圳湾口岸站400V送电的顺利完成标志着深圳地铁13号线南段（深圳湾口岸~粤海门以及内湖停车场）顺利实现“400V电通”目标，向开通试运营的目标又迈出了坚实一步。

2024年2月2日，深圳市城市轨道交通13号线顺利完成深圳湾口岸站至深大站区间接触网带电热滑试验，标志着此区段具备电客车动车调试条件，离高标准、高质量线路开通又近一步。