彼时风雨飘摇中的
明朝已是内外交困，千疮百孔。崇祯十七年（1644）三月二十日，李自成率军攻入北京，崇祯自尽殉国。消息传至
天津市，时任天津
巡抚冯元“陈师鞠旅，以图战守，其副使原毓宗降，夺公之兵”（
黄宗羲《冯元飏神道碑铭》）。
彭孙贻《
平寇志》记载备详：“毓宗诱防海兵劫饷……倡绅士立黄旗，上书‘天民顺’，小民各书‘民顺’二字于户。（总兵）曹友义率
牙军五百斩关出，毓宗率兵遮之，友义单骑走。毓宗逼元飏迎贼，不应。总兵娄光先、副将金斌、指挥
杨维翰皆从毓宗纳款。”可见原毓宗实是天津守军降闯的发起人和组织者。
关于原毓宗降闯的原因，有两种说法。一说原毓宗早为
李自成策反。
计六奇《
明季北略》云：“津道原毓宗，秦之蒲人，赴官时遇贼，贼礼之厚，留母为质，因纵之，许内应。”故原毓宗在
天津市“张皇贼势相离间”，公开倡降，使得军心涣散，“兵以无饷故，为原毓宗诱去”，而冯元飏“集将士誓师，无一至者”。另一说见于《
国榷》、《
平寇志》，称李自成攻下北京后，“厚遇其母，招毓宗，毓宗驰使入都纳款”。两说的共同点都是由于其母雷氏，也就是这半截命的封赠对象之一，被李自成扣作人质，原毓宗为全孝而不得不降。
四月底，清军在
吴三桂引领下入关，
李自成曾派人准备进踞天津，此时原毓宗又动摇起来，未开门接纳。
清朝进驻
天津市后，
爱新觉罗·多尔衮令“天津等处流寓及在籍各官，著吏部详查履历，确核才品，其堪用者，作速催来，即与起用”。原毓宗却似乎消失了，直至
顺治三年（1646）他才被清廷授职，任正五品的山西按察使司佥事
井陉县道，较他原来在
明朝的官职低了整整一级，可见其最初并不为清廷看重。顺治七年至十年任从四品常镇兵备道，之后原毓宗官运亨通，逐步进入中枢，历任正四品顺天府丞、正三品宗人府丞、正二品兵部右侍郎、左侍郎。
顺治帝十五年（1658）五月，“兵部左侍郎原毓宗奏请给假迁葬，允之。”自此原毓宗在家乡
蒲城县终老，
康熙帝二年（1663）犹撰《东岳庙创建阎罗·碑记》，卒年不详。