《古汉语与古文献论丛》分为三编。上编为“汉语史研究”，包括古汉语研究中的三重证据法（首次较为全面地论述了如何在古汉语研究中采用三重证据法）、类书与汉语词汇史研究、
日本的汉语史研究之历史与现状等内容。中编为“阮元小学研究”，是在著者多年研究阮元的基础上加以提炼而成，包括阮元在训学、金石文字学等领域之成就、阮元的小学研究理论及治学方法、《
经籍籑诂》之得失等内容。下编为“古
语文学理论研究”，包括中国古典文献学与历史文献学之概念、古文献学之学科内涵和研究内容、古文献学之下属三级学科、古文献学与图书情报学之关系、古文献学与现代文献学之关系、古文献学理论之总结与研究、古文献学自身之学科理论建设、二十世纪古文献学研究史之总结与研究、流散在域外之中国古文献、国外的中国古文献学之研究成果、关于海峡两岸的古文献学研究之交流等内容。