在单子因杀害阿豹（
谢承均 饰）派去强暴语燕（安以轩 饰）的手下而入狱后，所有人的生活都发生了变化。语燕为了不再成为于皓（郭品超 饰）的包袱，努力改变过去娇弱的形象，逐渐变得强硬，甚至成了“大姐头”。于皓虽然不喜欢她的改变，却无法阻止。语燕不愿让于皓知道自己曾遭强暴的事，这使他们之间逐渐产生隔阂。
与此同时，于皓在黑帮中的锋芒过于明显，帮主雄哥设计让他与其他帮派发生冲突，导致于皓在黑白两道都面临危机。这时，卧底警察阿烈（
罗志祥 饰）潜入于皓身边，伺机打探帮派内部的秘密，计划一举歼灭鹰帮。
在关系紧张且不知情地引狼入室时，雄哥得知有人检举于皓，劝他暂时退出黑帮以避风头。阿奇（
张勋杰 饰）、
红豆等人也赞成
于皓暂时隐退。于皓为了语燕，决定带她过安稳生活，并开了一家钓虾场。然而，阿奇因莽撞无法胜任堂口老大的职位，捅了不少篓子，惹来不少仇家。
阿烈看在眼里，既担心阿奇，又不想破坏于皓的安稳生活。但他的上司施压，要求他把于皓拉回黑道以便探听消息。最终，于皓得知堂口面临危机，回到鹰帮重振堂口势力，但这让语燕感到失望。
与此同时，
李子雄的干女儿
辛芷蕾（
唐以菲 饰）逐渐对阿烈产生情感，却发现他是自己的亲生哥哥，但由于身份敏感，无法相认。在卧底期间，阿烈的长官决定对鹰帮下手，阿烈因为对朋友们的情感，不希望他们被抓。
阿豹发现了阿烈的卧底身份，并打算利用
于皓来杀阿烈。阿烈发现自己被长官利用，且长官一直知道蕾蕾是他的妹妹却隐瞒不告。阿烈想向于皓坦白，但于皓等人早已察觉他的身份，并决定给他一个机会。蕾蕾误以为于皓会杀阿烈，急忙赶去救人，却在混乱中开枪打中了阿烈。阿烈为保护于皓中枪身亡。
蕾蕾看到自己杀了阿烈，精神崩溃。于皓等人为报仇，设计让长官陷入圈套，最终使长官身败名裂。在一切看似平静之后，每个人心中都留下了难以磨灭的伤痕。黑社会的生活依旧充满未知，每一天都可能是最后一天。
《斗鱼Ⅱ》开拍时，由于所有演员身负其他工作，导致延长了拍摄时间。接近
杀青时，演员们都连续48小时没有合眼，一星期内的睡眠时间不超过2小时。
《斗鱼Ⅱ》除了延续《斗鱼》中的兄弟情义，在亲情与爱情间有更深刻的描述。兄弟之情的煎熬、爱情的折磨、理智与感情的拔河，让许多人将《斗鱼2》比喻为台湾电视版的《无间道》。如果说《斗鱼》里的爱情青涩、凄美，那么《斗鱼Ⅱ》则像
工笔画般细描几个年轻人成长的碰撞和爱情的点滴。黑白之间，观众可以亲睹小燕子为爱情从清纯女生到黑道大姐大的转变过程。
郭品超和
安以轩经过《斗鱼》的磨合，合作更见默契，而剧中另外一对冤家，阿奇和豪爽的红豆则继续将斗气进行到底。（信息时报评）
如果说《斗鱼》带来的是爱情开始的青涩动人和生命终结的凄美无奈，那么《斗鱼Ⅱ》则是工笔细描此间过程的爱情点滴和成长碰撞。江湖交界，黑白之间，观众可以亲睹小燕子为爱情从清纯女生到黑道大姐大的转变过程，于皓和小燕子的感情依然动人心弦。郭品超和安以轩经过《斗鱼》的磨练，合作更见默契。剧中另外一对冤家：义气阿奇和豪爽红豆则继续将斗气进行到底，嬉笑打闹、插科打诨；
张勋杰和
陆明君的幽默
细胞在戏中被充分调动，为剧集带来不一样的喜剧效果。（
新浪娱乐评）