基因在结构上，分为编码区和非编码区两部分（其中非编码区对基因的表达主要起调控作用，如启动子等位于该区）。编码区（英语：Coding region），亦称为“编码序列”（Coding 序列）或“CDS”（Coding 脱氧核糖核酸 Sequence），是指DNA或核糖核酸中由外显子组成，编码蛋白质的部分。该区域的边界范围从靠近5′末端的起始密码子开始，到靠近3′末端的终止密码子为止。真核生物基因的编码区是不连续的，分为外显子和内含子（其中外显子是可以最终实现表达（表现在蛋白质的一级结构上），内含子则最终不能表达（所以真核生物基因表达过程中，转录产物——信使RNA不能直接进行翻译，而是要修剪掉内含子部分后才能去指导翻译）。原核生物的基因是连续的，所以谈不上外显子、内含子的区分。

编码区是细胞脱氧核糖核酸的一部分，我们知道，基因分为：编码区，非编码区。编码区是指能够转录信使核糖核酸的部分，它能够合成相应的蛋白质，而非编码区是不能够转录信使RNA的DNA结构。但是它能够调控遗传信息的表达。真核生物的DNA中的基因是由编码区和非编码区组成的，其中编码区是由外显子和内含子组成的，但是其中内含子又是非编码序列，所以说真核细胞基因结构中，非编码区和内含子是非编码序列。外显子属于编码区。含有外显子的基因能转录出前体RNA，再由内含子转录出来的部分进行自我切割，才得到成熟的mRNA，没有内含子也就没有自我切割。mRNA的编码区范围位于5′非翻译区和部分同样为外显子的3′非翻译区之间。原核生物只有编码区和非编码区。没有内含子和外显子之分。真核生物才有内含子和外显子。某个生物体的编码区是指该生物由基因编码区组成的基因组的总和。