17世纪中叶德川幕府统治下的日本，西方宗教活动被严令禁止，
基督教徒常常受到残酷迫害。葡萄牙传教士葛尔贝（亚当·德赖弗饰）和罗德里格斯（安德鲁·加菲尔德饰）偷渡来到九州肥前地区，信仰
基督教的村民们大为欢欣，为他们提供了藏身之处，两人在官差的严密搜捕下进行秘密传教。之后，向导吉次郎（
渡边谦饰）将罗德里格出卖给了官府。在牢中，罗德里格斯看到一对遭到拷问的武士夫妇教徒，妻子为了救丈夫的命选择了退教。而被捕的葛尔贝一直不愿退教，他追随被处以水刑的教徒自杀身亡。
罗德里格斯的恩师、二十年前来
日本传教失踪的
路易斯·费雷拉（
连姆·尼森饰）突然出现，身着武士服的他已经失去了信仰，还逼迫罗德里格退教。罗德里格斯必须在为了拯救众教徒而退教和忠于信仰殉教之间做出选择。影片将不仅局限于叙述传教士和教徒的经历，而是把许多宗教问题呈现到观众面前。故事中有多次弃教又多次回来忏悔的弱小百姓、有为了救助亲人而毅然
叛教的女子、有对神产生怀疑从而离教的教士。故事高潮部分，会有一个两难的局面来考验主人公，这些都能引发出对宗教信仰问题的深层思考。
影片中对于宗教的探讨十分深刻，这也令一些对宗教不甚了解的观众会稍感困惑，要想看懂这部电影，需要对
天主教的仪式，以及价值观有一定了解，当然，还要了解
日本神道教，尤其重要的是要了解电影里故事发生的年代——十七世纪的宗教信仰状况。《沉默》不仅因其深意引起了关注，它还用深刻的宗教话题引发了人们的共鸣和思考，导演
马丁·斯科塞斯精心制作的这部电影是他自己探寻信仰真谛的一次旅程，但同时，观众们也肯定能从中获得一些启发。（《
时光网》评）