秘书院是清代内三院之一，主要职能包括撰写对外交流的书札，摘录各衙门的奏疏，传达帝王的旨意以及草拟祭祀文书。

秘书院的历史可以追溯到皇太极十年（1636年）三月，当时文馆被改组成为内三院，其中包括内国史院、内秘书院和内弘文院。其中，内秘书院即后来的秘书院，最初的主要工作是撰写外藩往来的书信，记录各衙门的奏疏，并代表汗王起草对官员的指示。同年六月，随着崇德元年的到来，内三院的官制进行了调整，明确了各自的具体职务和人员配置。这些变化标志着清朝开始设立大学士这一职位，大学士们拥有广泛的权力，可以直接参与制定国家的重要政策，并且掌握了重要的国家机密。内三院的建立实际上取代了此前的八和硕贝勒共同商讨国事的体系。