著名民主革命先驱。毕业于中国公学法律系。民国十三年（1924年）考入
上海邮政管理局。历任上海邮务工会常务委员，
上海市总工会执行委员兼秘书长，全国邮务总工会及中国劳动协会理事，
中国抗日战争爆发后，民国27年（1938年）在武汉筹组中国工人抗战总会。后任中国劳动协会常务理事兼书记长，全国邮务
中华全国总工会常务委员，民国三十六年（1947年）当选为行宪国民大会代表。次年选第一次国民大会主席团成员，全国总工会秘书年任“自由中国劳工同盟”常务理事兼秘书长，“行政院设计委员会”委员，“交通部设计委员会”委员。1952年任“全国总工会”常务理事兼秘书长。1973年任“邮务工会全国联合会”理事长，后任“全国总工会”常务理事，“国民大会”代表。“光复大陆设计研究委员会”委员，“全国职业训练金监理委员会”副主任委员。“闽台地区劳工保险局监理委员会”委员，工业安全卫生协会常务理事。
民国十三年(公元1924年)考人上海邮局为邮务生。同年加入
中国国民党。
民国十六年(公元1927年)“四一二”反革命政变后，国民党在邮局实行清党，篡夺了上海邮务工会的领导权。先后加入
陆京士在邮局组织的精神团和
杜月笙的恒社，依靠国民党和帮会势力来控制工会。民国二十年(公元1931年)，水祥云为上海邮务工会第九届常务委员兼组织部长。
民国二十一年(公元1932年)，全国邮务总工会成立后，水祥云于民国二十五年(公元1936年)为候补执行委员，民国三十年(公元1941年)为常务执行委员、副秘书长、组织部长。民国三十六年(公元1947年)，全国邮务总工会改称全国邮务工会联合会，水祥云为常务理事、组织处长。水祥云以上海邮务工会为基础，进入
上海市总工会、全国邮务总工会、中国劳动协会、中华民国全国总工会和国民党中央社会部劳工运动委员会任要职，成为国民党陈立夫系统工会的核心人物。
民国三十五年(公元1946年)，
重庆市发生
较场口血案时，水祥云开始表示支持朱学范。在
中国国民党当局加紧迫害朱学范时，水祥云就倒向
陆京士。民国三十四年(公元1945年)9月，朱学范派水祥云以中国劳动协会上海办事处主任的名义进行重建上海市总工会的工作。朱学范接受周恩来的意见，战后的
上海市总工会将成为与共产党和进步力量的联合组织。水祥云违背了朱学范的意图，却执行了陆京士的严密控制工会领导权，打击进步工会，压制工人斗争的方针。
民国三十四年(公元1945年)10月，水祥云为上海市总工会整理委员会委员兼秘书长。民国三十五年(公元1946年)6月，为上海工人福利委员会委员。同年9月，水祥云为上海市总工会第五届理事长。
民国三十六年(公元1947年)2月9日，在破坏“爱用国货，抵制美货”的爱国运动中，水祥云秉承国民党市党部主任
方治和上海工人福利委员会主任
陆京士的指示，参与策划，调遣护工队，于民国三十六年(公元1947年)2月9日制造了血腥暴行，当场打死永安公司职员
梁仁达。在“二九惨案”发生后，激起
上海市各界人民的愤怒。中共上海地下工委以上海工人协会名义发表《为爱用国货惨案宣言——揭发特务暴行真相》。水祥云为了欺骗舆论，急忙以
上海市总工会名义发表声明，把护工队冲进会场说成是“被邀参加”，把行凶打人的
中统特务分子和护工队员说成是“真正善良工人”，把惨案的制造者和凶手说成是“被害者”，把被他们打死的梁仁达说成是“为反对大会而牺牲”等等，竭力歪曲事实，颠倒黑白。
民国三十六年全市工人兴起争取和平、民主、保障人权、解冻生活费指数的斗争浪潮。水祥云以纪念
国际劳动节为名，召开工人大会，企图掀起一个
上海市工人反共高潮。当他发表演讲时，立即被工人们的“立刻解冻生活费指数”等呼喊声所压倒，他的阴谋遭到彻底失败。
民国三十六年(公元1947年)，水祥云被
中国国民党补选为国大代表。民国三十七年(公元1948年)4月，国民党成立“
中华全国总工会”，水祥云为理事兼秘书长。8月，
上海市总工会改选，水祥云为常务监事，后为常务委员。
上海战役前夕，水祥云随
陆京士逃往
台湾省，继续进行反共和分裂中国工人阶级的活动。他著有《水氏由来与曾邱两姓联宗关系考》。