Gaussian是一个功能强大的
量子化学综合软件包。其可执行程序可在不同型号的大型计算机,
超级计算机,
工作站和
personal computer上运行,并相应有不同的版本。高斯功能:
过渡态能量和结构、键和反应能量、
分子轨道、
原子电荷和
电势、振动频率、红外和拉曼光谱、核磁性质、
极化率和超极化率、
热力学性质、反应路径,计算可以对体系的
基态或
激发态执行。可以预测周期体系的能量,结构和分子轨道。因此,Gaussian可以作为功能强大的工具,用于研究许多化学领域的课题,例如
取代基的影响,化学反应机理,
势能曲面和激发能等等。常常与gaussview连用。
关于Gaussian 03 的介绍
是Gaussian系列电子结构程序的较新版本。它在
化学、化工、
生物化学、
物理化学等化学相关领域方面的功能都进行了增强。
⒈研究大分子的反应和光谱Gaussian 03对ONIOM做了重大修改,能够处理更大的分子(例如,酶),可以研究有机体系的反应机制,表面和表面反应的团簇模型,
有机化合物光化学过程,有机和
有机金属化合物的取代影响和反应,以及均相
催化作用等。
ONIOM的其它新功能还有:定制
分子力学力场;高效的ONIOM频率计算;ONIOM对电、磁性质的计算。
当没有X-射线结构可以利用时,研究新化合物的构像是相当困难的。NMR光谱的磁屏蔽数据提供了分子中各
原子之间的连接信息。自旋-自旋耦合常数可用来帮助识别分子的特定构像,因为它们依赖于
分子结构的扭转角。
除了以前版本提供的NMR屏蔽和
化学位移以外,Gaussian 03还能预测自旋-自旋耦合常数。通过对不同构像计算这些
常数,并对预测的和观测的光谱做比较,可以识别观测到的特定构像。另外,归属观测的峰值到特定的原子也比较容易。
⒊研究周期性体系
Gaussian 03扩展了
化学体系的研究范围,它可以用
周期性边界条件的方法(PBC)模拟周期性体系,例如聚合物和
晶体。PBC技术把体系作为重复的单元进行模拟,以确定化合物的结构和整体性质。例如,Gaussian 03可以预测聚合物的平衡结构和过渡结构。通过计算异构能量,反应能量等,它还可以研究聚合物的反应,包括分解,降解,燃烧等。Gaussian 03还可以模拟化合物的
能隙。
PBC的其它功能还有:⑴二维PBC方法可以模拟表面化学,例如在表面和晶体上的反应。用同样的
基组,Hartree-Fock或DFT理论方法还可以用表面模型或团簇模型研究相同的问题。Gaussian 03使得对研究的问题可以选择合适的近似方法,而不是使问题满足于模块的能力极限。⑵三维PBC:预测
晶体以及其它三维周期体系的结构和整体性质。
⒋预测光谱
Gaussian 03可以计算各种光谱和光谱特性。包括:IR和Raman;预
共振Raman;紫外-可见;NMR;振动圆形二色性(VCD);
电子圆形二色性(ECD);旋光色散(ORD);谐性振-转耦合;非谐性振动及振-转耦合;g
张量以及其它的超精细光谱张量。
在气相和在溶液之间,分子特性和化学反应经常变化很大。例如,低位构像在气相和在(不同溶剂的)溶液中,具有完全不同的能量,构像的平衡结构也不同,化学反应具有不同的路径。Gaussian 03提供极化连续介质模型(PCM),用于模拟溶液体系。这个方法把溶剂描述为极化的连续介质,并把
溶质放入溶剂间的
空穴中。
Gaussian 03的PCM功能包含了许多重大的改进,扩展了研究问题的范围:可以计算溶剂中的激发能,以及
激发态的有关特性;NMR以及其它的磁性能;用能量的解析二级
导数计算振动频率,IR和Raman光谱,以及其它特性;
极化率和超极划率;执行性能上的改善。
G03W的界面和G98W相比,没有什么变化,G98W的用户不需要重新熟悉界面。
Gaussian 03新增加了以下内容
⑴ONIOM模块做了增强
对ONIOM(MO:MM)计算支持
电子嵌入,可以在QM区域的计算中考虑MM区域的电特性。
通过算法的改善,ONIOM(MO:MM)对大分子(如
蛋白质)的优化更快,结果更可靠。
ONIOM(MO:MM)能够计算解析频率,ONIOM(MO:MO)的频率计算更快。
提供对一般分子力场(MM)的支持,包括读入和修改参数。包含了独立的MM优化程序。
支持任何ONIOM模拟的外部程序。
改善和增强了连续介质模型(PCM):
默认是IEFPCM模型,解析频率计算可以用于SCRF方法。此外改善了
空穴生成技术。
模拟溶液中的很多特性。
可以对Klamt的COSMO-RS程序产生输入,通过
统计力学方法,用于计算溶解能,配分系数,蒸汽压,以及其它整体性质。
增加了PBC模块,用于研究周期体系,例如聚合物,表面,和
晶体。PBC模块可以对一维、二维或三维重复性分子或波函求解具有边界条件的Schrodinger
方程。周期体系可以用HF和DFT研究能量和
梯度;
⑷分子动力学方法
动力学计算可以定性地了解反应机制和定量地了解反应产物分布。计算包含两个主要近似:
Born-Oppenheimer分子动力学(BOMD),对
势能曲面的局域二次近似计算经典轨迹。计算用Hessian算法预测和校正走步,较以前的计算在步长上能够改善10倍以上。还可以使用解析二级
导数,BOMD能够用于所有具有解析梯度的理论方法。
提供
原子中心
密度矩阵传播(ADMP)分子动力学方法,用于Hartree-Fock和DFT。吸取了Car和Parrinello的经验,ADMP传递
电子自由度,而不是求解每个核结构的SCF
方程。与Car-Parrinello不同之处在于,ADMP传递密度矩阵而不是MO。如果使用了原子中心
基组,执行效率会更高。这一方法解决了Car-Parrinello存在的一些限制,例如,不再需要用D代替H以获得能量守恒,纯DFT和混合DFT均可使用。ADMP也可以在
溶剂存在的情况下执行,ADMP可以用于ONIOM(MO:MM)计算。
激发态计算方面做了增强:
由于改善了在完全组态相互作用计算中求解CI
矢量的算法,提高了CASSCF执行效率。对能量和
梯度计算可以使用约14个轨道(频率计算仍是8个)。
限制活性空间(RAS)的SCF方法。RASSCF把
分子轨道分成五个部分:最低的占据轨道(计算中作为非活性轨道考虑),计算中作为双占据的RAS1空间,包含对所研究问题非常重要分子轨道的RAS2空间,弱占据的RAS3空间,以及未占据轨道(计算中做冻结处理)。因此,CASSCF在RAS计算中分成三个部分,考虑的组态通过定义RAS1空间允许的最少电子数和RAS3空间允许的最多电子数,以及三个RAS空间电子总数来产生。
NBO轨道可用于定义CAS和RAS活性空间。对于对应成键/孤对
电子的
反键轨道可以提供相当好的初始猜测。
对称性匹配簇/组态相互作用(SAC-CI)方法,用于有机体系
激发态的高精度计算,研究两个或更多电子激发的过程(例如电离谱的扰动),以及其它的问题。
CIS,TD-HF和TD-DFT的激发态计算中可以考虑溶剂影响。
新的分子特性
⑵g
张量以及其它的超精细光谱张量,包括核电四次
常数,转动常数,四次
离心畸变项,电子自旋转动项,核自旋转动项,偶极超精细项,以及Fermi接触项。所有的张量可以输出到Pickett的拟合与
光谱分析程序。
⑶谐性振-转耦合常数。分子的光谱特性依赖于分子振、转模式的耦合。可用于分析转动谱。
⑷非谐性振动及振-转耦合。通过使用微扰理论,更高级的项可以包含到频率计算中,以产生更精确的结果。
⑸预共振Raman光谱,可以产生基态结构,原子间连接,以及振动态的信息。
⑹旋光性以及旋光色散,通过GIAO计算,用于识别手性体系的异构体。
⑺电子
圆二色性(ECD)。这一特性是光学活性分子在可见-紫外区域的差异吸收,用于归属绝对构型。预测的光谱还可用于解释已存在的ECD数据和归属峰位,
⑻含频极化和超极化,用于研究材料的分子特性随入射光波长的变化。
⑼用量度无关
原子轨道(GIAO)方法计算
磁化率,它类似于
电极化率,用于研究分子的顺磁/反磁特性。
⑽预测气相和在溶剂中的电、磁特性和光谱。
⑾ONIOM预测电、磁特性。
新增加的基本算法
⑴更好的初始轨道猜测。Gaussian 03使用Harris
泛函产生初始猜测。这个泛函是对DFT非迭代的近似,它产生的初始轨道比Gaussian 98要好,例如,对有机体系有所改善,对金属体系有明显改善。
⑵新的SCF收敛算法,几乎可以解决以前所有的收敛问题。对于其它极少数的不收敛情况,Gaussian 03提供了Fermi展宽和
阻尼方法。
⑶纯DFT计算的密度拟合近似。这一近似在计算库仑相互作用时,把密度用一组
原子中心函数展开,而不是计算全部的双
电子积分。它用线性换算的算法,对中等体系的纯DFT计算可以极大地提高计算效率,而又不损失多少精度。Gaussian 03可以对AO基自动产生合适的拟合基,也可以选择内置的拟合基。
⑷更快的自动FMM方法,用于适中的体系(纯DFT约100个原子,混合DFT约150个原子)。
⑸对纯DFT使用更快的库仑能算法,节省库仑问题的CPU时间。
⑹O(N)更精确的交换能量项。在Hartree-Fock和DFT计算中,通过删除
密度矩阵的零值项来屏蔽精确的交换贡献。这可以节省时间,而又不损失精度。
新增功能
⑴新的密度
泛函:OPTX交换,PBE和B95相关,VSXC和HCTH纯泛函,B1及其变体B98,B97-1,B97-2,PBE1PBE混合泛函。
⑵高精度能量方法:G3及其变体,W1方法。另外还包含W1BD,它用BD代替
耦合簇,比CBS-QB3和G3更精确,当然计算也更加昂贵。
⑶对重元素全
电子基组计算的Douglas-Kroll-Hess
标量相对论修正,用于当ECP基组不能满足精度的情况。
⑷逼近基组极限的UGBS基组。
Gaussian 09增加的功能
能量和求导
⑴最近发展的半经验模型(AM1,PM3,PM3MM,PDDG,PM6),计算解析一阶导和二阶导,用户自定义参数,以及结合使用PCM
溶剂模型。
⑶EOM-CCSD计算激发能。
⑷新的DFT
泛函,包括HSE,wB97,m05/m06,LC类泛函,以及双杂化B2PLYP。
⑸经验离散模型和相应的泛函。
⑹ROMP3,ROMP4,ROCCSD,ROCCSD(T)能量。
⑺W1RO,W1BD,G4方法计算能量。
⑻DFTB半经验模型,以及使用解析矩阵元的DFTBA版本。
ONIOM
⑴ONIOM与PCM组合。有多种ONIOM+PCM模型。
⑵ONIOM计算IRC,即使分子包含上千个
原子效率也很高。
溶剂化
⑴新的PCM溶剂化算法,使能量成为核坐标的连续函数。现在,PCM的几何优化与气相优化的
收敛速度一样。
⑵特定态的自洽溶剂化,用于模拟
荧光和其它发射过程。它对上百种溶剂进行了参数化,可以给出非常好的总溶剂化自由能。
几何优化和IRC
⑴能量最小化默认使用GEDⅡS几何优化算法,这对大的柔软分子特别有帮助。
⑵对最小值和过渡结构使用二次收敛ONIOM(MO:MM)优化,既用于力学部分,也用于
电子嵌入部分。
⑶一个输入部分,用于控制优化中的冻结或非冻结
原子。可以用原子、元素、残基、或ONIOM层来指定原子。
分子特性
⑴解析的含频ROA强度。
⑶使用两个态的谐振模式,通过Franck-Condon原理计算电子激发、发射、光
电离的谱带带型。
⑷用Herzberg-Teller或Franck-Condon-Herzberg-Teller理论计算电子激发的谱带带型。
⑸选择简正模式用于显示,非谐校正,和FC/HT/FCHT分析。可通过
原子、元素、
残基、或ONIOM层来选择。
分析和输出
⑴
蛋白质二级结构的信息可以包含在分子指定输入部分,或者.fchk文件中。
⑶正则UHF/UDFT进行二次
正交化,用于显示或用于ROHF计算的初始猜测。
⑷CIS和TD激发的自然跃迁轨道分析。
⑸把占据轨道投影到最小基之后,进行Mulliken布居分析。当
基组增大时,这能给出稳定的布居。
其它新功能
⑴SCF的初始猜测可以从片段计算的组合产生,需要指定每个片段的电荷和
自旋。
⑵用四点差分而不是默认的两点差分计算数值频率,具有更高的精度和
数值稳定性。
效率改善
⑴HF和DFT对大分子的频率计算更快,特别是当并行时。
⑵FMM以及线性标度的库仑和交换对簇并行。
⑶大体系的ONIOM(MO:MM)频率计算更快,特别是对电子嵌入。可以计算100-200 QM原子和6000 MM原子的频率。
⑷在大型频率计算中保存简正模式,用于显示或打印模式,以及开始IRC=RCFC任务。
⑸CC,BD,和EOM-CCSD振幅可以保存在检查点文件中,在以后的计算中读入。保存BD轨道并在以后读入。
⑹半经验,HF,和DFT的频率计算可以在中期计算中重新开始。
⑺CC和EOM-CC计算可以在中期计算中重新开始。
⑻ONIOM各步的初始猜测可以来自不同的检查点文件。
⑼加入了SVP,TZVP,QZV
基组的密度拟合基。Fit关键字调用与AO基组匹配的拟合基,没有特定的拟合基时需要Auto关键字。
⑽在Default.Route文件中包含DensityFit关键字,只要执行纯密度泛函就使用拟合。
⑾为了与文献发表的基组兼容,读入的密度拟合因子可以是非归一化的原函数,密度归一化的原函数,或归一化的原函数。