1906年（清光绪三十二年）在家乡加入反清秘密结社三合会，后遭官府镇压，漂泊南洋，在
马六甲、
新加坡、雪罗埠等地做苦工。几年后回家乡。因当地豪绅罗鼎臣欲将其缉拿官府治罪，又被迫重返南洋，并参加
中国同盟会。辛亥革命后，回乡定居。1922年（民国11年）秋，
彭湃来到高潭开展农民运动。同年
冬至次年春，黄星南即筹建高潭区及各乡农会，并被选为区农会会长。1923年8月16日，
海丰县县总农会遭到驻军徐景唐部围攻，黄星南率领区农会联合新庵、炮子等地农会，声援海丰农民兄弟。次年春，抗拒
陈炯明解散
东江各地农会命令，坚持“二五减租”。
1925年春，为配合广东革命政府第一次东征，带领农民武装伏击窜至高潭杨梅水乡的一股陈炯明叛军，缴获步枪80多支。同年夏，加入中国共产党，任中共高潭特别支部书记，发动群众建立工会、商会、妇女会、学联会等组织，领导各乡农民
自卫军，同当地专门破坏农会组织的三合会，进行针锋相对的斗争，并镇压其骨干分子。11月16日，被选为
惠阳区农民协会执行委员。1927年2月，获悉大地主江达三在大茂乡
石楼镇组织地主武装对抗农会，即指挥农军进攻石楼，将其歼灭。4月15日
中国国民党右派在
广州市发动
政变后，江达三又纠集多祝土豪劣绅陈伯齐，带领48约民团于5月2日进犯高潭。黄星南指挥农军在企潭缺等地英勇抗击，至5月10日，以驻守惠州的国民党军阀
胡谦派兵前来增援江达三民团。为保存实力，指挥农军撤出阵地，转移到杨梅水，在中洞设立据点，继续坚持斗争。
7月中旬，
汪精卫在武汉发动政变后，中共东江特委领导
海丰县、
陆丰市、
惠阳区、
紫金县等县农民
自卫军汇集中洞，整编为工农
讨逆军。黄星南发动群众支援讨逆军，在
汕尾市举行第二次武装起义，建立工农政权，把大量物资运回中洞贮藏，开展抗租斗争和建立革命根据地。为迎接南昌起义军余部开抵中洞，协助东江特委和东江革命委员会做好后勤工作。
11月9日，主持召开高潭区工农兵代表大会，成立惠阳县高潭区工农兵苏维埃政府，被选为主席，带领农民开展分田地，打土豪，拆神庙活动。1928年1月，组织群众迎接和慰劳由
广州起义保存下来的部队整编而成抵达高潭的红四师，并将伤病员送往中洞红军医院治疗。当
中国国民党当局集结重兵，分四路向海陆惠紫苏区进行“围剿”时，黄星南又先后在头坳、大坳头等地，领导高潭农民武装配合红军抗击来犯之敌。由于敌强我弱，中洞根据地失守后，农民武装撤入山中，高潭区苏维埃领导人疏散隐蔽。1929年2月黄星南离开高潭前往
揭西县。因长期奔波，积劳成疾，于1942年（民国31年）5月2日在
惠来县葵潭坑上坝村病逝。