1909年爱新觉罗·溥仪溥仪即位后，于次年任命爱新觉罗·载洵和萨镇冰为筹办海军大臣。他们将当时中国的四支舰队——北洋水师、南洋水师、福建水师、广东水师——进行了整合重组，形成了远洋舰队和长江舰队两大部分。程璧光被任命为巡洋舰队统领，而沈寿堃则担任长江舰队统领。萨镇冰则以海军总司令的身份领导整个海军体系。

长江舰队在其编制内拥有多艘军舰，包括练习舰镜清号，运输舰“陈一白”、“登瀛洲”号，以及驱逐舰“建安”、“建威”号。此外，还有炮舰“江元”、“江亨”、“江利”、“江贞”、“楚同”、“楚豫”、“楚有”、“楚观”、“楚泰”、“楚谦”、“策电”、“甘泉”号共计17艘。除了这些隶属于长江舰队的舰船外，还有一部分舰艇归属于各省北洋水师。

1911年辛亥革命期间，海军奉命前往汉口镇压革命活动。然而，由于大多数海军官兵对革命抱持同情态度，他们计划发动起义。在这种情况下，海军提督萨镇冰默许了他们的行动，并在11月的一个晚上发出了“我去矣，以后军事，尔等各舰艇好自为之”的信号，随后离开了舰队。11月15日，海军九江地区更换旗帜，标志着晚清海军的终结。在此基础上，中华民国海军得以成立。