国民政府的国防部是在中国国民党执政时期存在的政府机构于1946年6月在南京黄埔路中央军校旧址成立，隶属于国民政府管辖。

由“人事计划厅”、“情报计划厅”、“作战计划厅”、“补给计划厅”四厅构成。

国民政府国防部于1946年6月在南京黄埔路中央军校旧址成立。第一任部长白崇禧，参谋总长陈诚。到1948年夏，何应钦继任部长，顾祝同继任参谋总长。1948年底徐永昌接任部长；1949年春阎锡山继之。1949年淮海战役后，该部紧缩编制迁往广州，后再度紧缩迁重庆，又经紧缩后于12月1日迁成都，中旬大部遣散留在成都解放。

日本投降后，美国帮助国民政府于1946年3月在南京成立了一个“美国军事顾问团”，名义上是国民政府聘请的美国军事“专家”，实质上却是美国五角大楼的化身。它向国民政府提出一个“国防部编制方案”，建议撤销国民政府原有的高级军事指挥机关军委会及中国陆军总司令部，合并编组为国防部。据他们说，这是美国国防部拟的理想编制。美国国防部的编制同这个理想编制精神上基本一致，但是在组织上并不完全相同。他们先在中国做个试验，“显然是要求国民革命军最高军事指挥机关按照美国五角大楼的意愿雕塑，成为它地道的“子公司”。6月，军事委员会所属各部会迁到南京，即以此班底为基础，把中国陆军总司令部并入并编组，以7月1日为正式成立日期。

国防部初成立时按照“美国军事顾问团”提出的“理想编制”组成。各厅的业务执掌及一些具体活动，分述如下：

第一厅：亦称“人事计划厅”，负责人事法规制度，奖惩条例及人事计划的拟定、审核和批准将级和上校级升迁调补及奖惩的签请、审核和批准。下设五个处：第一处为计划处并主管将级人事，第二处主管上校级人事，第三处主管军佐人事，第四处主管军属人事，第五处主管杂牌部队人事。

第二厅：亦称“情报计划厅”，负责搜集国内外军事情报，并进行整理、分析、判断等，为国防作战计划的制定提供条件，并计划布置保密防谍等活动，自成一特务系统，与国民政府军事委员会调查统计局特务组织联系配合，又独树一帜，相互间明争暗斗。据该厅专员钟铭提供的材料，其编制及业务划分如下：

厅长：中将一人。副厅长：中、少将各一人。

厅办公室：少将主任一人，上校副主任一人，专员、参谋、副官、军需、秘书、书记、司书、译电员等共72人，主管人事、机要及总务。

技术室：主管特种技术的研究和实验。设主任、副主任各一人，下分：

①技术研究组，负责侦察无线电台的位置、数目、侦收密报电报；

②技术实验组，负责装置无线电机及电池。全室共约军官五人技士22人。

通讯总所：主管收发国内外电讯。设所长一人，报务主任一人，下分：

①业务科，侦察收发无线电报；

②工务科，装修电机器材；

③译电室，翻译国内外电报；

④研究股，研究无线学术；

⑤通信股，担任与厅外支(分)台通信；

⑥无线电国内总台，收发国内电报；

⑦无线电国际总台，收发国际电报；

⑧督察室，侦察报务员工作言行；

⑨所长办公室，总务股，人事股，主管所内行政计划，人事、总务、文书、经理等。全所共有军官佐属、报务员、电务员60余人。

交际处：主管交际及新闻公报。，设处长，副处长各一人。下分交际科和新闻科。全处共有军官佐属15人。

第一处：主管行政及计划。下分：

①行政及教育计划科；

②图书资料科。共有20人。

第二处：主管边疆情报。下分：

①西北边疆情报科；

②西南边疆情报科。共约21人。

第三处：主管国内情报。下分：

①国内军事情报科；

②新疆军事情报科；

③边疆军事情报科。

共有40余人。

第四处：主管国外军事。下分两个科：

①研究各国军事政策；

②签批驻外武官，共有20人左右。

第五处：主管研究国际情报。下分：

①苏联情报科；

②东欧各国情报科；

③边疆兵要地志科，共约25人。

第六处：主管保密防谍。下分两个科：

①防盗窃机要文件；

②侦察共产党地下工作。

共15人左右，均系军统分子，在各厅、局普遍设有保密防谍小组。

全厅内勤人员共约300人，全国各地的站、组及掌握适用的人无法计数。

该厅1946年秋曾采用过“七级编制”，分厅、署、司、处、科、组、股(层次顺序记不真切)，人员达500余名。侯腾代厅长时，即按上述编制改组。

1947年该厅在南京珠江路小营办有“情报学校”一所，由陈诚任校长，侯腾主持，教务主任王子清代侯负实际责任。分：

①普通班，专训练国内情报特务；

②高级班，训练高级情报特务；

③外事班，训练武官及通译。1948年停办。

该厅同各行辕(绥署、剿总、军政长官公署等)、各绥区的第二处，以及部队军事情报处、科在业务上层层联系，人事上也多方操纵，建立一个所谓“情报参谋系统”。各第二处的负责人多由该厅选拔或推荐，部队情报参谋多系该厅情报学校或前军令部第二厅所主办情报参谋训练班毕业的，从而形成了一支独立的特务系统。

第三厅：亦称“作战计划厅”，负责制订国防作战计划，战时下达作战命令，研究战争得失，总结经验教训，颁布作战教令，原辖两个处，1947年增为三个处，第一处主管作战计划，第二处主管作战命令，第三处主管作战经验教训的总结。

第四厅：亦称补给计划厅，负责拟定、审核和批准有关后方补给勤务的法规、制度，计划作战物资的生产、征购、储备、补充、补给的数量和优先程序，计划平战时军事设施及交通，通讯干线的选择与要求，并随时指导实施检查实施程度。国防部第四厅中将参谋长封少君。管辖三个处，1948年增设第四处。第一处称计划处，下设两个科：

①主管后勤法规制度；

②计划交通、通讯及运输。

第二处称补给处，主管装备补充，粮弹、被服、器材的补给计划。下设三个科分掌业务。第三处称军事设施处，主管平战时军事设施计划，下设三个科。第四处为运输计划处，主要为及时了解作战部队情况，计划空运、空投补给。