果胶酶（英语：Pectinase）是一类能够分解果胶的酶的总称，其中包括果胶分解酶、果胶酯酶和半乳糖醛酸酶等。果胶是一种存在于植物细胞壁的多糖，果胶酶通过分解果胶质，帮助植物和微生物进行营养吸收和病原菌感染植物。

果胶酶是从根霉中提取的，使细胞间的果胶质降解，把细胞从组织内分离出来。果胶酶本质上是聚半乳糖醛酸水解酶，果胶酶水解果胶主要生成β-半乳糖醛酸，可用次碘酸钠法进行半乳醛酸的定量，从而测定果胶酶活力。

作用PH:3.0-6.0，最适作用PH:3.0。

作用温度为15-55℃左右，最适作用温度为 50℃。

果胶酶包括两类，一类能催化果胶解聚，另一类能催化果胶分子中的水解。其中催化果胶物质解聚的酶分为作用于果胶的酶（聚甲基半乳糖、醛酸酶、醛酸裂解酶或者果胶裂解酶）和作用于果胶酸的酶（聚半乳糖醛酸酶、聚半乳糖醛酸裂解酶或者果胶酸裂解酶）。催化果胶分子中酯水解的酶有果胶酯酶和果胶酰基水解酶。

果胶酶是水果加工中最重要的酶，应用果胶酶处理破碎果实，可加速果汁饮料过滤，促进澄清等。果胶酶常用于涉及植物材料降解的过程中，例如加快果汁的提取和酿造中的澄清。在酿造中，果胶酶的功能是双重的，首先，它有助于分解植物（通常是水果）原料，其次，成品酒中果胶的存在会导致混浊或轻微混浊，果胶酶可用于分解果胶，从而使葡萄酒澄清。果胶酶降低了生产果汁所需的活化能并催化了反应。果胶酶也可用于脱胶，添加合剂或用酸对植物材料进行预处理可增强酶的作用。同时也可以作为食品添加剂在畜牧业中得到广泛应用。

本品最佳贮藏条件为4-15℃，一般为室温贮藏，避免阳光直射。