正统年中，郭瑾升为都给事中。正统六年（1441），
巡抚周忱命他清查南京刑狱，由于评议罪狱很慎重、仔细，因而保全了数百条人命。因为他议论宦官
王振而逆了皇帝的意旨，被调出京城出任浔州
知州。不久他又被恢复原官。正统八年（1443），升为刑部右侍郎。郭瑾曾严厉地弹劾武清伯
石亨，但没有结果。当时，有几个囚犯得罪了当道，司法部门想置之死罪，以迎合一些重要人物的意思。郭瑾却愤慨地说：“通过杀人来讨好一些人，我是不会做的。”他极力坚持不肯做，还把这几名囚犯释放了。这样使憎怨他的人更对他怀恨在心，因而想方设法诬告郭瑾。于是他就辞官归乡。当时有朝臣赠句：泽深刑部无冤狱，品重黄门有谏章。死时83岁。著有《绿荫书屋集》。