1953至1957年一五计划期间，为配合上海安亭工业区建设，扩建了安亭站货场。1959年修建至红旗
水泥厂的专用线，后又修建至上海人造板机器厂的专用线。1972年7月，车站迁至
塔庙村。截至1990年代末，安亭站内设有货物栈道5股、货位84个，日均吞吐货物量1200余吨。
2003年11月至2004年
春节前，苏州工务段对车站
道岔及附近弯道进行改造，以适应第五次大提速开行直达列车的要求。2007年4月17日
国铁集团第六次大提速后，
安亭镇至上海西区间列车最高行驶速度可达至每小时250千米。
2010年
中铁特货运输有限责任公司在安亭站附近空地修建
汽车物流基地，以方便发送
上汽大众生产的汽车。每日安排两对往来
南翔站的货运取送列车。2011年3月，安亭站的管辖单位由苏州直属站调整为南翔直属站。
2014年开工的
沪苏通铁路将经过此站，并新建往
黄渡站的三、四线。2017年安亭—安亭西三四线完工后，安亭站站内
到发线被拆除以应通沪铁路接入改造。2018年7月，安亭至黄渡京沪下行线拨接至新建的
蕰藻浜一线桥，同年9月上行线也拨接至一线桥的
便线，使得原
京沪铁路的老
吴淞大桥得以拆除并在原址新建蕰藻浜二线桥。安亭站改造工程于2019年11月19日完工，车站启用新信号楼；蕰藻浜二线桥则于同年12月底完成，而安亭站和黄渡站间的线路改造则于2020年4月13日全部完工。