中国人民解放军南京军区空军（简称南京军区空军）是中国人民解放军空军驻南京军区的
战役军团，归空军建制，受空军和南京军区双重领导。领导和指挥驻
江苏省、
浙江省、安徽、
福建省、
江西省、
上海市6省、
直辖市空军部队。主要担负辖区防空作战，空中进攻作战，协同陆、海军作战等任务。
1950年5月30日，中央军委批准，将
中国人民解放军华东军区司令部航空处扩编为中国人民解放军华东军区空军司令部。8月1日，在南京成立。机关设司令部、政治部、后勤部、工程部、干部管理部。9月，移驻上海与上海防空司令部合并，称华东军区空军司令部兼上海防空司令部。12月，与上海防空司令部分编并迁回南京，仍称华东军区空军司令部。1954年5月15日，改称华东军区空军部。1955年5月6日，改称南京军区空军司令部。1957年9月5日，与
中国人民解放军南京军区防空军合并为南京军区空军。1970年2月，军区空军机关整编为司令部、政治部、后勤部。1976年2月，增设航空工程部，1993年9月改称装备技术部，1998年12月整编为装备部。1985年9月，南京军区空军与
福州军区空军合并整编为南京军区空军。
中国人民解放军华东军区空军机关成立后，首先接收并领导原由华东军区领导的桥航空预科总队和人民空军第一支航空兵部队—空军第4混成旅。1950年10月～1951年10月，组建8个
航空兵师等，分驻
山东省、
江苏省、安徽、
浙江省、
上海市5省、市。1952年8月和1953年3月，先后组建2个空军军部。1955年3月，随着全国军区重新划分，驻山东省空军部队划归华北军区空军建制，驻
江西省空军部队由中南军区空军划归华东军区空军建制。1957年6月，驻
福建省防空军部队划归南京军区空军建制。8月，
中国人民解放军南京军区防空军所辖部队、学校划归南京军区空军建制。1959年5月，驻江西省空军部队划归
福州军区空军建制。1975年2月，南京军区空军辖区空军院校，由空军直属改归南京军区空军建制。1976年1月，撤销1个空军军部。1985年下半年，福州军区空军机关整编为空军军部，归南京军区空军建制；调整、撤销、合并部分单位。至20世纪末，南京军区空军发展成为一支包括
航空兵、
地空导弹兵、高射炮兵、雷达兵、电子对抗兵、
通信兵和其他专业兵组成的合成军队。