无锡海关1988年1月经国务院批准设立，同年11月18日开关，2018年8月升格为副厅级机构，隶属南京海关领导。无锡海关机关本部位于无锡市华夏中路10号（邮编：214101），设有办公室、人事政工处、综合业务处、企业管理处。下设驻机场办事处、驻锡山办事处、驻新吴办事处。无锡海关缉私分局成立于1999年8月16日，隶属于南京海关缉私局，位于湖滨路618号。

无锡海关是受南京海关直接领导的副厅级隶属海关，按授权负责无锡市（不含江阴市、宜兴市）的各项海关管理业务。

综合业务处：承担业务协调、法治建设、知识产权海关保护，政策研究、推进重大业务改革，统计及企业信息公共服务平台等工作。

企业管理处：承担通用及特定资质的企业注册登记、备案管理工作，负责海关减免税管理，组织实施海关信用管理，开展信用培育，受理AEO认证申请等工作。

驻机场办事处：承担无锡机场进出境货物业务，运输工具监管，进出境人员及其携带行李物品监管，免税店监管、海关监管场所管理，口岸卫生检疫监管、特殊物品现场监管等工作。

驻锡山办事处：承担出口食品、化妆品、动植物及其产品和相应企业的监管工作，负责稽查、核查、贸易调查、加工贸易监管（综保区外）等工作。

驻新吴办事处：承担无锡高新区综合保税区海关监管，无锡海关辖区（除机场）进出口货物通关监管，无锡海关辖区进出口工业品检验、进出口危险货物及其包装的检验鉴定、原产地证书签发、保税仓库和出口监管仓库管理等工作。

南京海关纺织工业产品检测中心：承担进出口商品、食品、化妆品的实验室检验检测及检疫鉴定、海关监管商品的归类化验、政府机关和社会委托的检验检测及鉴定等工作，并提供技术咨询和技术培训服务，开展海关技术规范等标准的制（修）订和对外技术合作与交流。