广州医科大学附属第五医院始建于1957年，前身为广州港集团有限公司公司下属广州港港湾医院。2007年，经广州市人民政府批准移交广州医科大学管理，转制为市属事业单位改称广州医学院港湾医院，2011年更名为广州医学院第五附属医院。2013年，广州医学院正式升格为广州医科大学，更名为广州医科大学第五附属医院。该医院是广州再生医学与健康广东省实验室附属医院，广州医科大学第五临床学院，是国家改善医疗服务行动示范医院。医院始创于1957年，是黄埔区建院最早、规模最大的综合性医院和爱婴医院。2019年9月28日，医院正式挂牌成为广州再生医学与健康广东省实验室附属医院。

广州医科大学附属第五医院（原广州港港湾医院)，广州医科大学第五临床学院，始创于1957年。

2019年9月28日医院正式挂牌成为广州再生医学与健康广东省实验室附属医院。

2021年6月30日，广州医科大学附属第五医院三甲医院正式揭牌，成为广州东部唯一一家市属独立建制的三甲公立医院，标志着该院正式迈入“三甲元年”，翻开了医院发展史的崭新一页。

2023年11月，广州医科大学附属第五医院与广州市第十二人民医院、广州市正骨医院等单位共同发起成立广州市医疗行业工会联合会。

康复医学科、泌尿外科、普通外科、骨科神经外科、心血管内科、肾内科、内分泌内科、神经内科、呼吸与危重症医学科、消化内科、肿瘤学、产科学、小儿科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科皮肤科、急诊医学科、中医科全科、医学新生儿科、妇科学心理（精神）科医、疗美容科、感染性疾病科、营养科重症医学科、老年科、胸外科、放射治疗科、血液内科。

麻醉科、超声科、医学影像科、医学检验科、药学部、病理科、心电图室、输血科、消毒供应中心。

重大新药创制科技重大专项、国家重点研发计划“战略性科技创新合作”重点专项各1项；参与科技创新2030“神经科学与类脑研究”重大项目1项；成功实施科技成果转化3项；获批市级重点学科2个；发表SCI论文677篇，其中IF\u003e10的论文共68篇。

2020年1月9日，香港中文大学李刚教授应邀来我院进行学术交流，并进行题为“牵拉成组织技术的生物学机理及创新临床应用”的学术报告。本次学术报告由秦大江副院长主持，我院全体班子成员出席。精彩的讲座吸引了医院职工、研究生、实习生共两百余人参会学习。

2020年12月，被授予“广州市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。