该空运队所属的飞机有华北军区航空处空运队抽调的2架
C-46运输机、1架
C-47运输机以及西南军区接收的原国民党空军的4架C-46和随后从北京空运队调来的3架C-46。（C-47型机1架因不适于高原高空飞行后调回归建），首任队长
谢派芬系起义的国民
中华民国空军军官学校上尉飞行教官。
1950年11月24日，在从
苏联进口伊尔-12型高空运输机后，空运队扩建为空军高空运输团，向黑樱任团长（向后来曾担任空13师副师长，接下来的历史并不光彩。这个参加过
长征的
中国工农红军干部进城以后没有能够抵御得住酒绿灯红的考验，被不法奸商拉下水，因参与走私等违法犯罪行为被西南军区逮捕法办）。
1951年4月，以空军高空运输团为基础，抽调长春第2航校高空运输训练大队空地勤人员和部分
战略运输机，在四川新津组建了空13师，首任师长刘绍堂。当时该师共876人，飞机47架，下辖第37、39团，不久又组建了第38团。
该师曾参与了康藏地区配合地面部队
剿匪作战；1956年5月，在空军独立第4团的配合下，空13师副师长韩琳机组驾驶5116号伊尔-12型运输机由青海玉树机场飞抵西藏当雄机场完成了北京至
拉萨市的试航任务；1958年空13师出动
伊尔-12参加了支援
甘南藏族自治州、
青海省部分地区平叛作战；1959年，该师 又派出
战略运输机支援西藏拉萨、
山南市平叛作战，直至1961年匪患基本肃清。
1962年4月，空13师划归
空降兵第15军建制，并以该师运-5独立大队为基础，扩建了1个运-5独立第6团。1964年10月16日，空13师第39团郭洪礼机组驾驶15503号伊尔-12运输机载着科学仪器和科研人员，冒着生命危险在我国第1颗原子弹爆炸后不到半小时即飞入现场，先后两次准确的穿越蘑菇云，圆满地完成了空中收集样品的任务，荣立集体1等功。
1966年1月，从前
苏联进口
安托诺夫An-12后，空13师新扩建了独立运输第10团，同年6月，空13师由空降兵15军调出，直接归武汉军区空军领导，1985年武空撤销后改属广空建制。
该师除执行军事运输任务外，还先后多次参加过抗洪抢险、抗震救灾、人工降雨、扑灭
森林火灾、科研试飞以及支援民航运输等任务。涌现出“
昆仑雄鹰大队”（39团3大队）、“忠于职守勇于献身保证安全的模范机组”刘晓莲机组、“雷锋式的机务战士”37团机务2中队机械员彭正彪等英模任务。以现任
中国人民解放军空军指挥学院政治部副主任刘晓莲（原空13师副政委）、
广州军区空军副参谋长
岳喜翠（原空13师副师长）等为代表的中国女飞行员大多集中在该师。另：空13师师部在汉口，下属汉口
王家墩，
开封市，湖北当阳三机场，各住一个团，汉口机场马上要拆迁，新阳逻机场即将建成!