中交第三航务工程勘察设计院（中交第三航务工程勘察设计院有限公司）是中国最大的交通、港口工程勘察设计单位之一，上海市高新技术企业。具有国家颁发的工程咨询、勘察、设计、总承包和工程造价等甲级资质证书。

1958年9月，根据交通部实行机构改革的指示，由上海港务局修建科等单位的部分技术人员组合成立“上海筑港工程局设计室”。这是三航院诞生的摇篮。

1964年12月，根据交通部的精神，将“上海筑港工程局”改名为“交通部第三航务工程局”。“上海筑港工程局设计室”相应改为“交通部第三航务工程局设计处”。

1978年11月，根据交通部有关精神，成立了“交通部第三航务工程局勘察设计院”。历经载，三航院正式冠名成立。拥有了较为齐全的专业配置和专业人员。水运工程勘察设计能力有了较大提高。

1984年1月，根据交通部有关文件精神，“交通部第三航务工程勘察设计院”的行政关系正式从交通部三航局划出，直属交通部领导。从此，三航院正式成为独立的国家甲级勘察设计单位。取得了国家建设部颁发的各类专业资质证书，专业配置更加齐全，专业人员数量和质量都得到了提升。

1999年，三航院与交通部脱钩，正式加入中国港湾建设(集团)总公司。公司更名为“中交第三航务工程勘察设计院”。这一时期，三航院在中国的港口建设中发挥了重要作用。完成了多项国家重点工程项目，成为中国水运工程建设市场中的一支重要力量。

2005年，中国港湾建设(集团)总公司与中国路桥工程有限责任公司建设(集团)总公司合并，成立中国交通建设集团有限公司。三航院进入中交集团，成为集团二级子公司。

2006年，根据集团整体改制上市要求，三航院经改制更名为“中交第三航务工程勘察设计院有限公司”。随着中国交建在香港特别行政区成功上市，三航院成为按照法人治理结构和现代企业制度实行管理的上市公司子公司。进入21世纪，三航院取得了快速发展。拥有员工600多名，高级专业技术人员占60%。各类专业30多项。下设分公司2家，子公司4家，工程范围涉及勘察、监理、自动化等业务。成为国内一流设计公司。公司是中国最大的交通、港口工程勘察设计公司之一。具有国家颁发的工程咨询、勘察、设计、总承包和监理、造价、海洋工程等甲级证书。

1992年起，被中华人民共和国建设部评为“中国勘察设计综合实力百强单位”。

2005年起被上海市科学技术委员会批准成为“上海众恒信息产业股份有限公司”，享受上海市税收优惠政策。

2007年通过英国劳氏（LLOYD’s）公司“质量、环境、职业健康安全”管理体系认证。

三航院专业设置齐全，技术力量雄厚，能独立承担国内外各类港口、航道、海洋工程、物流工程、河川枢纽、修江南造船、公路、桥梁、机场跑道等综合性大型工程项目及供水、输电、环保工程、工业民用建筑、工业计算机自动控制等项目的规划、咨询、勘察、设计、工程监理、工程造价及工程总承包等。三航院配备了先进的计算机辅助设计和科学管理等系统软硬件装备，全套现代化工程勘察设备居国内同行先进之列。

掀开中国水运工程的发展历史，三航院是其中闪亮的一页。自1958年成立以来，三航院在中国境内主要承担了以上海市、江苏省、浙江省及福建省为中心，北起辽宁省，南至海南省以及广东省、广西壮族自治区等省市大型综合性港区和物流园区的规划和勘察设计任务，并完成了发电厂、钢铁厂、修江南造船、石油化工厂等百余个大中型企业专业化码头的勘察设计任务。还出色地完成了澳门国际机场、缅甸国际集装箱码头等境外大型交通工程的勘察设计任务。累计完成包括上海国际航运中心洋山深水港工程在内的大中型勘察设计项目4000余项，已成为国内成就卓著、声誉斐然的工程勘察设计企业。

半个世纪以来，三航院人才辈出，培养和拥有一大批技术精湛、经验丰富的中高级设计勘察人员。三航院实施“科学教育兴院”和“人才强企”战略，积极营造聚才留人的良好环境。三航院一贯重视产品质量，视质量为生命，推行全面质量管理。1998年和2003年通过英国劳氏公司的94版和2000版认证。2007年再次通过英国劳氏公司“质量、环境、职业健康安全”体系认证。

在全球经济一体化进程中，三航院积极实施“走出去”战略，先后承揽了多项国际工程项目。与日本、美国、德国、英国、挪威、荷兰、法国、葡萄牙、香港特别行政区、澳门等十多个国家和地区的有关公司进行了技术合作和交流；还接受国家有关部门委托，与外国公司合作对国际银行及国外有关银团在中国境内外投资或贷款的十多个大中型工程项目进行了技术评估与审查，具备了国际工程承揽能力。

1992年以来一直被国家建设部评为“中国勘察设计综合实力百强单位”。

2003-2006年连续被上海市人民政府授予“上海市文明单位”称号。王祥总经理被上海市总工会评为“职工最满意的厂长经理”荣誉。

2004年被上海市委、市政府授予“上海市人才工作先进单位”称号。

2005年、2006年均被美国《ENR》和《建筑时报》联合评为年度“中国工程设计企业60强”，2006年被中国勘察设计协会授予“优秀勘察设计院”荣誉称号。

由公司参与完成的“东海大桥（外海超长桥梁）工程关键技术与应用”、“长江口深水航道治理工程成套技术”荣获2007年国家科技进步一等奖，“特大跨径桥梁钢塔和深水基础设计施工创新技术研究”荣获2007年国家科技进步二等奖。

2008年公司进入全国勘察设计单位50强（第48名）。

2009年公司再次进入全国勘察设计单位50强（第42名）。

近年来，在继续保持“上海市文明单位”、“中港集团文明企业”荣誉的基础上，又先后荣获“全国交通系统创文明行业先进单位”、“上海市职工最满意企业”等荣誉称号。

至2007年，三航院先后荣获国家及省部级优秀设计、科技进步等奖项共200余项，其中获国家优秀设计金质奖5项、银质奖6项、铜质奖4项；国家优质工程银质奖5项和“中国建设工程鲁班奖”、“中国土木工程(詹天佑)大奖”7项。