组织结构的扁平化是指通过内部变革，减少管理层级，扩大管理幅度，建立横向协作的工作团队。这种方式淡化了传统的职务晋升导向的激励机制，转而关注工作成就，使得员工的关注点从职务晋升转向工作成就。扁平化的组织结构也有助于建立以组织目标为导向的员工激励机制。
柔性管理是以非强制方式在组织中形成潜在的说服力，将组织意志转化为人们的自觉行动。柔性管理满足了员工的高层次需求，能够深层激发员工的积极性。在知识经济时代，柔性管理对于实现“知识共享”、整合企业资源、适应以顾客需求为导向的柔性生产具有重要意义。柔性管理的基本原则包括内在重于外在、直接重于间接、心理重于物理、个体重于群体、肯定重于否定、身教重于言传、务实重于务虚和执教重于执纪等方面。在管理实践中，柔性管理表现为管理决策的柔性化和奖酬机制的柔性化。
现代企业的
生产组织模式正在从传统的串行生产方式向并行的团队生产方式转变。并行的生产组织方式，即团队生产，强调跨职能部门的合作，导入不同专业技术和功能的人，配合同步工程的开展。并行工程理论将团队生产的概念扩展到产品的整个生命周期，而全面质量管理观念的引入，则要求团队不仅跨职能部门建立，还需以顾客需求为导向，随顾客需求的变化而变化。
组织内的激励应该针对不同层级的员工采取不同的方式和手段，以达到理想的效果。高层管理组织侧重于创新管理、企业文化等方面的激励，基层员工则更多地关注基本需求的满足，如工作条件、工资待遇的改善。中层人员则需要兼顾基本生活需求和成就感、荣誉感。尽管各层级的激励有所区别，但它们都是服务于组织目标的。
组织的层级性决定了员工激励的互动性。企业所有者激励与全员激励相互影响，高层管理者的激励至关重要。委托-代理理论提供了有效设计激励机制的原理，以解决委托人和代理人之间的激励问题。
激励应该是多样化的，以满足不同员工的需求。激励方式包括物质激励、晋升激励、荣誉激励、信任激励、目标激励、责任激励、成就激励、
情感激励等多种形式。合理的激励组合能够推动激励效用曲线向上移动，提高激励效果。