孔子鸟科（学名：Confuciusornithidae）是中国下白垩纪的一科原始鸟类，由4个属组成，化石形成于1亿3100万－1亿2000万年前。孔子鸟科的鸟类生活在北方，与现存鸟类及其最近的灭绝亲戚有紧密的关系。孔子鸟科的鸟类具有羽毛，包括有羽轴和无羽轴的羽毛，以及一对独特的肋突形尾羽，其功能尚有争议。孔子鸟科的翅膀解剖结构表明，它们的飞行行为可能具有独特性，因为其解剖结构暗示着矛盾的能力。它们具有类似快速拍翅鸟类的羽毛，这些鸟类依赖快速拍动翅膀来保持飞行。然而，它们的翅膀解剖结构同时也表明缺乏拍翅能力。孔子鸟科的鸟类还以其嘴和无牙齿而著称，与现代鸟类相似。孔子鸟科的鸟类既是捕食者，也是猎物，其化石中已发现含有鱼类遗骸，同时也被发现在中华丽羽龙属，一种哺乳纲捕食者的胃部中。

界：动物界 Animalia

门：脊索动物门 Chordata

纲：鸟纲 Aves

目：孔子鸟目 Confuciusornithiformes

休斯顿火箭 et al., 1995

科：孔子鸟科 Confuciusornithidae

Hou et al., 1995

此科内共有4属7种：

孔子鸟属Confuciusornis

圣贤孔子鸟Confuciusornis sanctus

杜氏孔子鸟Confuciusornis dui

费氏孔子鸟 Confuciusornis feducciai

长城鸟属Changchengornis

横道长城鸟Changchengornis hengdaoziensis

锦州鸟属 Jinzhouornis

锦州鸟属 Jingzhouornis yixianensis

锦州鸟属 Jingzhouornis zhangjiyingia

始孔子鸟属 Eoconfuciusornis

郑氏始孔子鸟 Eoconfuciusornis zhengi

其中，郑氏始孔子鸟比其他孔子鸟科鸟类早出现1100万年。

孔子鸟科由侯连海等人（Hou et al.）于1995年命名，包含模式属孔子鸟属，并被划分至鸟纲孔子鸟目。这一类群由Chiappe于1999年给出了种系发生学定义，他将基于节点的分支孔子鸟属科（Confuciusornithidae）定义为只包含长城鸟属和孔子鸟的一科。Sereno这一定义扩大，将所有亲缘关系与圣贤孔子鸟（Confuciusornis sanctus）更近、与家麻雀（Passer domesticus）相对较远的物种都包含在孔子鸟科中。锦州鸟属由侯连海、周忠和及张福成于2002年被加至孔子鸟科，而始孔子鸟属由张福成、周忠和及迈克尔·本顿于2008年被归入孔子鸟科。

艺术家对始孔子鸟的艺术猜想，描绘出其成对的尾羽大约半数的保留有羽毛的孔子鸟科（包括所有物种的代表种）标本都拥有一对与众不同的丝带状尾羽，而且羽毛既可能是有羽轴的正羽，也可能是不带羽轴的绒羽。