吉林大学考古学科的教学科研活动肇始于20世纪50年代中期，1962年历史系考古教研室成立。1972年，著名考古学家张忠培先生在吉林大学创立考古学专业。1973年，招收第一届本科生。1981年，考古学获批国务院学位委员会颁布的第一批博士学位授权点。1985年，增设博物馆学专业。

1972年，吉林大学正式设立考古学专业，张忠培教授为专业负责人。

1973年开始招收本科生。

1981年，考古学科成为国务院学位委员会颁布的第一批博士学位授权点。

1983年，于省吾教授、金景芳教授与张忠培教授筹划创建了古籍研究所，为在全国高等学校古籍整理研究工作委员会（“古委会”）直接领导下的重点研究所。

1985年5月增设博物馆学专业，开始招收本科生。

1986年，成立了吉林大学中原地区北方考古研究室。

1987年，考古学系成立，与古籍研究所合署办公。

1995年，考古学及博物馆学专业入选国家基础学科人才培养和科学研究历史学基地。

1998年，获得历史学一级学科博士学位授权点，并入选国家基础科学人才培养基金特殊学科点。

1999年，以北方考古研究室为基础组建边疆考古研究中心。

2000年，边疆考古研究中心被批准成为教育部人文社会科学重点研究基地，并获得历史学博士后科研流动站，考古学科被列入国家“211工程”学科建设项目。

2001年，考古学系并入文学院。

2005年，依托考古学科建立的“中国边疆史地创新基地”被确定为国家“985工程”哲学社会科学创新基地。

2007年，考古学及博物馆学被增补为国家重点学科。

2010年，吉林大学文化遗产保护研究中心成立。

2012年，吉林大学考古学科在教育部学科评估中名列全国第2位。同年，古籍研究所组建校级重点研究基地“中原地区古文字研究中心”。

2013年，体质人类学与分子考古学国家文物局重点科研基地成立。

2014年，古籍研究所中国古文字研究中心成为国家“2011计划”出土文献与中国古代文明研究协同创新中心的核心协同单位。同年，高句丽渤海研究中心成立，并与文化遗产保护研究中心一起被批准为吉林省人文社会科学重点研究基地。

2015年，高句丽渤海研究中心入选吉林省特色新型高校智库。

2017年，吉林大学考古学科入选国家“世界一流大学”A类高校“一流学科”建设名单。

2018年，吉林大学决定整合原文学院考古系、博物馆系、边疆考古研究中心、古籍研究所成立考古学院。

考古学院整合了该校原考古系、博物馆系、边疆考古研究中心、古籍研究所等资源，以“中国考古、外国考古、科技考古、文字考古、文化遗产、博物馆学”六大学科板块为支撑，汇聚了一批在国内外考古研究领域具有重要影响力的专家学者，全力推进考古学科的建设与发展水平，积极探索科研教学、人才培养以及国际交流的新模式。

中国工程院院士、吉林大学校长李元元表示一流”建设中进一步提升学校考古学科的实力与地位，努力建设具有“中国特色、中国风格、中国气派”的世界一流考古学学科体系。