蒙藏院是中国历史上负责处理蒙古、西藏自治区等少数民族地区事务的官署机构。其历史可以追溯至清朝时期的理藩院，历经多次更迭，最终在民国时期更名为蒙藏院。

清朝时期

清崇德元年（1636年），皇太极创立“蒙古衙门”（满语：ᠮᠣᠩᠭᠣ ᠵᠤᠷᠭᠠᠨ，转写：Monggo jurgan）。崇德3年（1639年），扩编为“理藩院”。随着帝国疆土日渐扩张，理藩院成为管理蒙古、西藏、青海省、新疆以及西南少数民族事务的行政机关，并兼理对俄罗斯帝国的事务。顺治帝16年（1659年），礼部尚书（今外交部长）兼管理藩院事务，两年后理藩院官制又与六部同位阶。光绪32年（1906年），因清末新政的改革官制，四夷馆改为理藩部。

中华民国时期

1912年中华民国政府成立后，曾短暂续设“理藩部”，但旋即被废除。1913年，改为北洋政府设在北平市的“内务部蒙藏事务处”，随后曾陆续改制为“内务部蒙藏事务局”、“内务部蒙藏事务院”。在北平祥公府成立国立蒙藏学校，后因经费困难而停办。1916年11月，在蒙藏事务局与财政部资助下，在北平转马台内孙家花园（今北京西单小石虎胡同）复学。1918年，国立蒙藏学校改名为蒙藏专门学校，为高等教育学校，1920年代末又改为中学。1928年6月，国民革命军北伐攻入北京。7月11日，将蒙藏事务院改制为“蒙藏委员会”，隶属行政院。1936年2月10日制定《喇嘛转世办法》，开始管理西藏自治区与蒙古的藏传佛教转世灵童相关事务。1937年对日战争爆发后，随中央政府迁往重庆市（今重庆市中山医院）。1945年对日战争结束后，随中央政府移往南京。1949年1月31日北平市落入中国共产党军队，之后蒙藏中学被改为中央民族大学附属中学。国共内战后，蒙藏委员会随中央政府迁往台湾台北。未来将裁撤，蒙藏业务（蒙事处、藏事处）将改为大陆委员会蒙古事务处与西藏事务处。