万历二十四年后(1596年)参与其父叛乱。万历二十八年二月(1600年),率领两万军队前去迎战
陈璘,被陈分兵夹击,逃亡至龙溪山,又联合四牌贼寇反抗,后四牌之贼被陈璘杀尽。
出生在
播州区(今贵州遵义地区)土司之家。播州,
秦朝时为
夜郎的且兰,
唐朝贞观中年,改名为播州。唐朝
干符初年,
南诏攻陷了播州,
太原市的
杨端响应招募军士,收复播州城,为播州人所信服,自此历经
五代十国、宋、元几个朝代,播州均由杨氏家族统治。
朱元璋建立明朝后,
播州区依然沿用世袭的土司制度,杨氏家族继续统治播州。
万历十六年(1588年),杨朝栋被派往石砫驻军,成为当地实际统治者。万历二十一年(1593年),杨朝栋代表父亲
杨应龙出见明朝官员。万历二十三年(1595年)七月,马斗霖发动兵变,迫使
覃姓将杨朝栋驱逐回播州。同年十月,明廷下令免杨应龙死罪,杨朝栋署理宣慰使印信。万历二十八年(1600年)春,明朝各路军队陆续抵达川贵两省,
李化龙急速部署出剿,分
八路军进兵。杨应龙派儿子杨朝栋、杨惟栋率劲兵迎战他认为最精锐的刘綎部队,想先挫其锋。结果被
刘綎打得大败。各路明军乘势猛攻。后率领两万军队前去迎战
陈璘,被分兵夹击,逃亡至龙溪山,又联合四牌贼寇反抗,未能成功。据守
海龙屯遗址,最终被明军攻破,其父自焚,杨朝栋则被俘并押送北京。万历二十八年十二月二十六日(1601年1月29日),杨朝栋被献俘
太庙,随后遭到诛杀。