跨撒哈拉贸易界于北非地中海沿岸国家及西非国家之间，是条从第八世纪到十六世纪末间重要的贸易路线。

7世纪以后，阿拉伯人来到北非并控制了撒哈拉沙漠商道贸易。8~11世纪为商道贸易的发展时期，11世纪中叶~16世纪末为全盛时期，此后走向低潮。跨撒哈拉贸易是靠由阿拉伯骆驼组成的商队进行。这些骆驼在编入商队前会事先在北非马格里布或西非萨赫勒平原上以数个月的时间养肥。根据使用过商队的阿拉伯商人伊本·白图泰的说法，每个商队平均有一千只骆驼，有时甚至用到12,000只。商队的向导是高薪请来的柏柏尔族人，因为他们清楚撒哈拉沙漠的情况，而且在通过其他游牧部落时可以确保商队的安全。商队的生存危机重重，需要倚靠团队的和谐运作。通常因为商队无法一次携带全程所需的水，擅跑的人会先被派往前方的绿洲，如此可以把水在商队抵达绿洲前数天就运给商队。

尼罗河谷附近的小型贸易路线已经存在了数千年，但是在驯化骆驼前，横穿撒哈拉沙漠是非常困难的。一些物品和原材料在远离它们原产地的地方被发现，这在考古学上证明了特别是在最西端，沙漠最狭窄的地方有贸易的行为。在古典文学中，也有一些贸易接触的例子, 好比说奥达哥斯特(Aoudaghost)城的形成发展可能来自于于这些有限的贸易，但这不能证明所有在这区域的都市化都是由于这小型贸易而产生的。

在南部撒哈拉当时的石窟壁画描绘了马拉马车的场景，引发了马车在当时被应用的猜测。但是，在这一区域并没有发现同时代的马的骸骨，并且由于负载较小，马车也不是合适的贸易运载方式。

这个地区最早的驯养骆驼的证据可以追溯至第三世纪。因柏柏尔人使用骆驼使得撒哈拉沙漠范围内的贸易能变得更频繁，但日常的贸易路线直到第七世纪 伊斯兰教开始传到西非才形成。发展出的贸易路线主要有两条: 第一条路线穿越沙漠西部，从摩洛哥至尼日尔河湾；第二条由现代突尼西亚至乍得湖区域。这些路线相对较短，而且被路途上经过的少数绿洲网络限制而难以更动。在这个区域以东，利比亚以南则是无法通过，没有绿洲且充满强烈沙漠风暴的区域。从尼日尔河湾通往埃及的路线在第十世纪因危险而被废弃。

位于今日毛里塔尼亚南部的迦纳帝国伴随着撒哈拉沙漠贸易的发展而崛起。撒哈拉贸易中主要的有金盐贸易, 地中海贸易多盐缺金, 而西非国家则是多金而缺盐。奴隶贸易也很重要，因为很多非洲人被送到北面做家庭奴隶, 而西非国家买进训练有素的奴隶军。因这些贸易, 几条商路被开辟出来了，最重要的可能就要数终止于西吉尔马萨和位于现在摩洛哥的东部的Ifriqua的商路了。和其他北非城市一样，在那里柏柏尔商人因为和伊斯兰教的接触增多而促进传教。在第八世纪的时候, 穆斯林到了迦纳, 使很多迦纳很多人改信伊斯兰教, 这很可能也造成对迦纳帝国的贸易有优惠. 在约1050年, 迦纳占领了奥达哥斯特城, 但在Bure附近的新金矿降低了在城内的贸易, 反而使索索人受益. 索索人后来成立了马里帝国。

像加纳一样，马里也是个穆斯林王国。在它的统治下，金盐贸易继续进行着。另外，相对次要的贸易货物是奴隶，来自南方的可乐果，玻璃珠，和来自北方作为流通货币的宝螺。在马里王国的统治下, 在尼日尔河岸的大城 —包括 加奥和杰内— 都兴盛起来了，特别像廷巴克图的财富还在欧洲出名。在西南非大草原及森林的交界区还发展了重要的贸易中心, 像是贝格霍和Bono Manso (现在的加纳) 还有邦杜库 (现在的科特迪瓦)。在西方的交易路线持续拥有其重要的地位, 像在现在毛里塔尼亚境内的瓦丹, 瓦拉塔 和 欣盖提成为主要的贸易中心，而在Assodé(现在阿加德兹)境内的图瓦雷克城市则是沿着东方的交易路线发展, 而成为现在的尼日尔。

东部跨撒哈拉贸易路线使得地处乍得湖地区长久的卡奈姆－博尔努帝国兴起。这条商路并不便捷，只有当西边有动乱的时候（比如阿蒙哈德占领期间）才发挥作用。

非洲西海岸的葡萄牙旅行者们为欧洲和西非的贸易开拓了一条新的道路。在十六世纪初期，欧洲人已经在海岸地区牢牢扎根，对西非来说，与富裕的欧洲人做生意成为头等重要的大事，北非在政治与经济方面的重要性均在下降。虽然穿越撒哈拉沙漠的旅程仍然是漫长而充满危险的，但对跨撒哈拉贸易的主要打击是1591-1592年的摩洛哥战争。摩洛哥军队穿越撒哈拉沙漠袭击廷巴克图(Timbuktu)，加奥(Gao)以及其他一些重要的贸易中心。他们破坏建筑和财物，并且流放市民。这场对贸易的破坏致使这些城市的重要性戏剧般的下降，最终由于仇恨导致贸易减少了相当的幅度。

虽然贸易金额大幅地减少，贯通撒哈拉沙漠的贸易仍然继续。可是通往西非海岸的贸易路线变得越来越简易，特别是经过法国 在1890年向西非荒漠草原的侵略及后来非洲内陆铁路的建筑。一条计划中的从达喀尔经由尼日尔到阿尔及尔的铁路线最终没有建造。随着二十世纪六十年代此地区国家的纷纷独立，众多的国境线造成北-南之间的道路难以畅通。这些国家的政府对阿拉伯撒哈拉民主共和国和中撒哈拉的柏柏尔人的民族独立运动怀有敌意。因此，这些政府对于保持或支持跨撒哈拉贸易几乎没有做出任何努力。二十世纪九十年代的“柏柏尔人大叛乱”和阿尔及利亚内战使得很多道路被关闭，这进一步中断了这条跨撒哈拉沙漠的贸易之路。

如今，穿越撒哈拉的少数柏油碎石路和同样少数的卡车仍然进行着跨撒哈拉贸易，特别是燃料和盐。在传统的商路上基本上已经见不到骆驼了，但从阿加德兹到比尔马和廷巴克图到Taoudenni的短途路线上还是经常——可能少些——使用骆驼。图阿雷格人中的一些仍然延用着这些传统的商路，经常每年骑骆驼6个月跋涉1500英里穿越撒哈拉，从沙漠中心向边缘贩盐。