国家菌草工程技术研究中心是国家科技部于2011年12月批准组建，2016年2月25日通过科技部的验收。中心依托
福建农林大学建设，实行管理委员会领导下的中心主任负责制，设有国内外专家组成的工程技术委员会作为管理委员会的技术和政策咨询部门。中心现有在职科研和管理人员共60余人，流动人员40多人，拥有较完备的菌草工程技术及产品研究开发与中试条件，与国内外菌草相关科研院所、企业和生产基地建立了广泛的合作关系。中心的目标为建成一流的菌草工程技术研发平台、一流的人才培养基地和一流的合作与服务平台。通过技术创新、工程化和技术集成，成为我国菌草行业的领军者和技术创新的源泉。通过承担国家重大科研项目，开展国内外技术合作交流，培养一批具有生产实践能力的、高素质的菌草工程技术人才，形成菌草工程技术研发的持续创新能力，促进行业科技进步和菌草新兴产业快速发展，同时服务科技扶贫与援外工作。
福建农林大学是国际菌草技术的首创单位，30年来，通过不断科技创新，菌草技术日趋成熟，并推广到世界各地，为带动农民增收致富，推动生态建设做了大量有益的探索，为服务我国整体外交做出了突出贡献。此次国家菌草工程技术研究中心获得国家科技部批准立项建设，必将进一步推动菌草科学研究和产业化工作再上新台阶。希望学校以此为契机，认真按照要求，扎实推进各项建设，不断提高新建中心工程化、产业化和开放服务能力，确实发挥对相关行业和区域经济社会发展的引领带动作用，造福全人类。