李令皙在
天启四年（1624年）成为
举人，
崇祯十三年
进士，任江阴知县。
明朝亡后，
庄廷鑨私修《
明史辑略》，请李令皙作序，题茅元铭、吴之铭、吴之熔、李涛、茅次莱、
吴楚、
唐元楼、严云起、蒋麟徵、韦金佑、韦一围、张篙、
董二酉、
吴炎、
潘柽章、
陆圻、
查继佐、范驤等十八人於其上，又说明此书是根据朱氏（即
朱国祚）的原稿增删而成。
顺治帝十八年（1661年）为归安知县吴之荣告发，
鳌拜责令刑部满官罗多等到
湖州市彻查。
康熙二年（1663年）正月二十日农历旧年，前来李令皙拜年的客人络绎不绝，李家百馀人连同拜年的亲友皆遭逮捕。这时廷已死，被掘墓刨棺，
枭首碎骨。此事牵连甚广，康熙二年（1663年）五月二十六日（6月31日）李令皙被凌迟处死，其子李焘等四人皆斩杀，史称「庄廷鑨明史案」。