为了科学制定长江流域治理开发与保护的整体部署，水利部会同多个部门共同制定了《长江流域综合规划》。该规划是在深入调查研究的基础上，由长江水利委员会和相关省份的相关部门合作完成。

根据2007年国务院关于开展流域综合规划修编工作的总体安排，水利部会同国家发展改革委、国土资源部、环境保护部、住房和城乡建设部、交通运输部、农业部、国家林业局、中国气象局、国家能源局、国家海洋局等部门，建立了流域综合规划修编部际联席会议制度，组织长江水利委员会和长江流域19个省（自治区、直辖市）有关部门，在深入开展现状评价、总体规划、专业规划、专题研究的基础上，编制完成了《长江流域综合规划》。

短期目标

至2020年，长江流域的重点城市和防洪保护区在遭遇标准内的洪水时应基本不受影响，在遇到超出标准的洪水时应尽可能减少人员伤亡和财产损失，山洪灾害防御能力应有显著提升；城乡供水和农业灌溉能力应有所增强，居民生活用水应得到全面保障，水能资源的开发利用率应稳步提高，航运体系应不断改进；水生态环境恶化的趋势应得到有效遏制，饮用水源地水质应达到全部达标，水土流失应得到控制；最严格的水资源管理制度应基本建立，涉水事务管理应全面加强。至2030年，流域防洪减灾体系应更加完善，防洪减灾能力应进一步提高；节水型社会应基本建成，水资源和水能资源的开发利用率应进一步提高；水生态环境应有明显改善，河流生态系统应良性发展，水土流失应得到有效治理；流域综合管理现代化应基本实现。

国务院在批复中强调，《长江流域综合规划》的实施应当坚持以科学发展观为指导，认真落实2011年中央一号文件的精神，以完善流域防洪减灾、水资源综合利用、水资源与水生态环境保护、流域综合管理体系为目标，坚持全面规划、统筹兼顾、标本兼治、综合治理的原则，注重科学治水、依法治水，妥善处理兴利与除害、开发与保护、上下游、左右岸、干支流等各种关系，充分发挥长江的各种功能和综合利用效益，为实现经济持续发展和社会和谐稳定提供坚实的基础。

防洪减灾

应重点加强长江中下游平原干流、洞庭湖、鄱阳湖和主要支流的治理，加快向家坝水电站、溪洛渡水电站、亭子口等关键节点工程的建设，尽快实施重要的蓄滞洪区建设工程，加强重点城市的防洪建设和重点涝区的治理，完成病险水库和水闸的除险加固，建设流域防洪预警系统和山洪灾害易发区预警预报系统。应加强以三峡水库为核心的一系列干支流控制性水利水电工程的联合调度，协调好防洪与水资源综合利用、水生态环境保护之间的关系，提高流域抵御特大洪水灾害的能力。

应加快开展南水北调东、中线后续工程的论证及西线项目的前期工作，逐步完善全国水资源的优化配置格局。应在强化节水的基础上，建设一些必要的水源工程，提高流域供水保障能力，解决局部地区的工程性缺水问题。应加强灌区的续建配套和节水改造，在水土资源条件适宜的地区适当新建灌区。应在保护生态环境和移民合法权益的前提下，合理有序地开发水能资源。应大力发展航运，完善现代化的长江水运格局。

水资源与水生态环境保护

应加大对洞庭湖、鄱阳湖、丹江口市库区及上游、三峡库区及长江口地区水资源的保护力度，加强对巢湖、滇池等重点湖泊和沿江城市河段水污染的防治。应严格控制生态环境敏感区域的治理开发活动。应加强长江上中游的水土保持，强化水土流失的预防监督和生态修复。

流域综合管理

应加强流域立法研究、涉水事务管理和执法监督。应实行最严格的水资源管理制度，建立流域用水总量、用水效率和水功能区限制纳污控制指标体系。应加强流域水资源的统一调度和管理。应规范河道岸线和采砂管理。应完善水量、水质、水生态环境的综合监测系统。

《长江流域综合规划》作为法律依据，是长江流域开发、利用、节约、保护水资源和防治水害的重要基础。国务院要求，流域内的各省级政府和有关部门应加强领导，紧密协作，认真分解并落实《长江流域综合规划》提出的具体任务和措施，精心组织实施，切实保障流域的防洪安全、供水安全、粮食安全和生态安全。