招商银行南京分行成立于1996年11月29日，是招商银行全资附属的一级分行。成立十八年来，南京分行紧随江苏省经济发展的脉动，坚持“高标准起步、建设高素质队伍、架构高科技银行、推行高水准服务、实施高要求管理、实现高效益经营”的办行方略，坚持以效益为中心、以发展为主题、以质量为保障、以改革创新为动力，不仅奠定了较为扎实的市场基础和管理基础，而且闯出了一条在市场经济条件下打造民族精品银行的成功之路，在江苏地区已树立起技术力量强，服务水准高，规模发展快，资产质量优，经营效益好的良好企业形象和品牌优势，连续九年在总行系统综合考核中被评为“优秀分行”，并得到监管部门和社会各界的广泛赞誉。

截至2009年3月，南京市分行同城下辖一个营业部、18个支行、43个离行式自助银行以及无锡、常州市和扬州市三个二级分行，共计38家营业机构，初步形成了立足南京，面向全省，辐射周边的金融服务网络。此外，截至2009年3月末，分行全折总资产1179.02亿元；全折自营存款余额813.55亿元；人民币一般性贷款余额为463.84亿元，12年累计实现利润突破40亿元。

2022年6月10日，招商深圳南油（集团）有限公司与招商银行南京分行在招银大厦举行《金融服务协议》签约仪式。