藤原种继（737年-785年11月4日）是日本奈良时代末期的公卿，藤原式家之祖藤原宇合的孙子，藤原清成的长子。他的官位是正三位、中纳言，后来被追赠为正一位、太政大臣。

《续日本纪》第一次记载藤原种继是在766年（天平神护2年）由从六位上升为从五位下，同时叙爵的人还有和气清麻吕。

2年后出任美作守，之后历任近卫少将、纪伊守、山背守、左京大夫、下总守、左卫士督、近江国守。由藤原式家所拥立的光仁天皇即位后，藤原式家的政治影响力上升，藤原种继的官位也随之上升。特别在藤原种继的叔父藤原良继、藤原百川去世后，藤原种继成了藤原宇合的众孙之中的最年长者，成为藤原式家的代表。桓武天皇将藤原种继非常信任，视之为心腹。藤原种继是迁都长冈京的策划者和执行者。782年（延历元年）藤原种继出任参议、式部卿，784年（延历3年）出任中纳言。

785年（延历4年）藤原种继被反对迁都的贵族暗杀。以藤原种继暗杀事件为契机，早良亲王被指为慕后黑手，在流放之时，绝食抗议而死。著名诗人大伴家持也被指为主谋，死后不被允许下葬。

迁都长冈京

784年，桓武天皇希望迁都，有“天皇极其信任、内外之事皆决之”的评价的藤原种继提倡迁都于山城国乙训郡长冈之地。奉桓武天皇命令的藤原种继，带领藤原小黑麻吕（藤原北家）、佐伯今毛人、纪船守、大中臣子老、坂上田麻吕等人到长冈市视察，同年被任命为长冈京的造宫使，实际是迁都的总负责人。迁都之前的长冈与藤原种继母亲的娘家秦氏（自称是秦始皇后裔，日本著名的渡来人一族）的根据地山背国葛野郡很接近，有地方支持的基础。秦足长、大秦宅守等秦氏一族由于造宫之功被叙爵。

藤原种继暗杀事件

迁都后不久的785年（延历4年）旧历9月23日夜里，藤原种继在监督营造宫殿时被箭矢射中，第二日去世。事件发生在桓武天皇离开大和国之时。大伴竹良等人作为暗杀犯被逮捕，调查审讯之后，大伴继人、佐伯高成等十几人被捕缚着斩首。事件不久前的旧历8月28日去世的大伴家持被作为首谋者，从官籍中除名。因此事件被连座而流放的有五百枝王、藤原雄依、纪白麻吕、大伴永主等多人。其后，事件发展到桓武天皇的同母弟早良亲王的皇太子之位被废，在流放时忧愤而死。原本，藤原种继就和早良亲王关系不和，究竟早良亲王实际上是否与暗杀事件有关，并不能确定。但是，大伴家持生前是春宫大夫，佐伯高成和其他被逮捕者中很多也是皇太子的家政机关春宫坊的官吏。其后又在很短的时间内从长冈京迁都到平安京，早良亲王化作怨灵作祟，据说是这一连串事件的原因之一。

藤原种继去世后，桓武天皇追赠其为正一位左大臣。809年（大同市4年），藤原种继又被追赠太政大臣。

（没有特别加注释者出自《六国史》）

天平神护2年（767年）11月5日：从五位下

神护景云2年（768年）2月18日：美作守

宝龟2年（771年）闰3月1日：纪伊守

宝龟2年（771年）9月16日：山背守

宝龟5年（774年）正月7日：从五位上

宝龟6年（775年）9月27日：近卫少将

宝龟8年（777年）正月10日：正五位下

宝龟9年（778年）2月23日：左京大夫

宝龟11年（780年）3月17日：下总守

宝龟11年（780年）12月11日：正五位上

天应元年（781年）正月16日：从四位下

天应元年（781年）4月15日：从四位上

天应元年（781年）5月25日：近江国守

天应元年（781年）7月10日：左卫士督

延历元年（782年）3月26日：参议

延历元年（782年）6月21日：正四位下

延历2年（783年）4月18日：从三位

延历2年（783年）7月25日：式部卿兼近江按察使

延历3年（784年）正月16日：中纳言

延历3年（784年）6月10日：造长冈宫使

延历3年（784年）12月2日：正三位

延历4年（785年）9月24日：赠正一位・左大臣

大同市4年（809年）4月12日：赠太政大臣